Zeman má s vysokými školami napjaté vztahy. Na jaře 2015 odmítl podepsat jmenovací dekrety tří navržených kandidátů – Ivana Ošťádala a Jiřího Fajta z Univerzity Karlovy a Jana Eichlera z Vysoké školy ekonomické. Prezident odmítnutí zdůvodnil prohřešky kandidátů z minulosti. Všichni dotčení se proti jednání hlavy státu bránili žalobou. Eichler ji později stáhl. Nejvyšší správní soud na konci dubna Zemanovo rozhodnutí o nejmenování pravomocně zrušil, bude se ale zabývat ještě kasační stížností, kterou prezident proti rozsudku podal.

Od začátku kauzy se k Zemanovi dostalo několik seznamů kandidátů na profesorský titul, které schválila vláda. Nikoho dalšího neodmítl. Jmenovací dekrety po dohodě se Zemanem pravidelně předává ministr školství, i když to v minulosti někdy dělal prezident.

Mezi šedesátkou navržených kandidátů je nyní 11 žen. Nejvíce profesorů navrhla tradičně Univerzita Karlova. Alespoň pět nových titulů navrhly ještě další čtyři vysoké školy, a to Masarykova univerzita v Brně, Akademie múzických umění v Praze, České vysoké učení technické v Praze a Univerzita Palackého v Olomouci. Zastoupeni jsou především lékaři, technici a odborníci na přírodní vědy. Mezi kandidáty je i osm umělců.

Profesorem by se měl stát například jeden z nejvýraznějších bývalých členů Ústavního soudu Stanislav Balík, který proslul svými odlišnými stanovisky k přijatým rozhodnutím soudu. Například svůj nesouhlas se zamítnutím ústavní stížnosti ve věci církevních restitucí zdůvodnil v lednu 2011 jediným slovem – „Nepokradeš". Jako soudce působil u Ústavního soudu v letech 2004 až 2014.

Dalšími kandidáty na profesory jsou mimo jiné uznávaný chirurg Ivan Netuka, který vede Kliniku kardiovaskulární chirurgie IKEM, či rektor Vysoké školy polytechnické Jihlava Václav Báča. Profesorem by se měl stát také olomoucký chirurg Lumír Hrabálek, který vyvinul nový meziobratlový implantát z titanu, díky němuž pacienti cítí rychlejší úlevu od bolesti. Titul by měli získat i módní návrhářka Liběna Rochová a módní návrhář Josef Ťapťuch.