Evropská komise podle všeho nyní požaduje kontrolu dalších dosud neprověřených projektů koncernu, protože Česko má podle auditorů v předcházení střetu zájmů závažné nedostatky. V dopise, kde Evropská komise shrnuje své dosavadní závěry auditního šetření, doslova kritizuje, že Česko konfliktní situaci příliš neřeší. "Pan Babiš ovládá společnosti ze skupiny Agrofert," píše se ve shrnujícím dopise. 

Komise jej zaslala ministerstvu pro místní rozvoj 22. října. Jde o osm stran, které navazují na auditní šetření. Dokument má dohromady 198 stran příloh, jež podrobně rozebírají odhalená pochybení. 

Premiér Babiš však dlouhodobě trvá na tom, že Agrofert neovládá ani neřídí. "Dlouhodobě a opakovaně tvrdím, že střet zájmů nemám a kvůli údajnému střetu zájmů nebude Česká republika vracet žádné peníze," nechal se slyšet. S tím však úplně komise nesouhlasí, neboť v dokumentu uvádí, že veškerá unijní podpora, kterou tuzemské úřady Agrofertu za poslední tři roky přikleply, byla přidělena neoprávněně.

Například podle bývalého eurokomisaře pro rozpočet Günthera Oettingera by měl Babiš Agrofert vložit do takzvaného slepého fondu. Ten však v Česku není možný. Další Oettingerovou radou, které Babišovi dal již v roce 2018, bylo, aby přestal pobírat dotace či odstoupil z čela vládní rady pro eurofondy.