Na rozdíl od znaků, které byly jako znamení právního statutu udělovány panovníkem nebo na základě jeho zmocnění jinou osobou, vlajky vznikaly původně bez právního aktu běžným užíváním, kdy se barvy vlajky odvozovaly od znaku. Vlajky byly zjednodušením znaku, když se nepoužil štít a heraldická figura a zachovaly se jen jeho barvy. Staré vlajky nevznikly na základě konkrétního právního aktu, ale historickou praxí.

Žlutočervené barvy moravské vlajky vychází ze šachování moravské orlice, která se od roku 1462 používala ve dvou variantách. Zatímco u znaku se dnes používá původní stříbrnočervená varianta, u vlajky se v 19. století ustálily barvy žlutá a červená vycházející ze zlatočerveného šachování. Takto byly moravské barvy upraveny usnesením Moravského zemského sněmu roku 1848 a z nich se vyvinula moravská vlajka užívaná od 19. stolet. Nicméně se objevují varianty odvozené z původního stříbrnočerveného šachování moravské orlice na modrém štítě a to bílo-modrá bikolora a bílo-červeno-modrá trikolora. (Při popisu znaku se hovoří o stříbrném či zlatém kovu, při popisu vlajky o bílé či žluté barvě.)

Moravská vlajka sloužila za první Československé republiky jako kompromis při vyvěšování vlajek, kdy pročesky orientovaní lidé vyvěšovali vlajku bílo-červeno-modrou a později československou, zatímco většina německy hovořících dávala přednost žlutočervené zemské vlajce moravské, což bylo akceptováno jako dostatečný výraz loajality k zemi i v době Československa.

Moravskou vlajku stále upravují předpisy vydané v 19. století a historicky vzniklé zvyklosti, protože až do 19. století byl pramenem práva u nás i obyčej. Platí zde recepce práva habsburské monarchie novým československým státem, který převzal platné právo na území Čech, Moravy a Slezska, ať již bylo vytvořeno ústředními orgány ve Vídni či orgány zemí. V roce 1920 byl přijat nový zákon o státních symbolech, který se však nijak nedotkl zemských vlajek. Moravského znaku se dotkl tak, že změnil šachování orlice ze zlatého na stříbrné. V roce 1936 zákon o užívání symbolů výslovně počítal s tím, že stávající znaky a vlajky samosprávných korporací může měnit Ministerstvo vnitra, pokud nejsou součástí státního znaku. V takovém případě mohl být znak změněn jen zákonem. Ovšem to platilo i dříve podle zásady, že výkonná moc bývalého panovníka přešla na vládu (příslušná ministerstva), pokud ústava či zákon výslovně nestanoví, že přísluší prezidentu či jinému orgánu. Fakticky se tedy rozdělila případná změna zemských znaků, které byly součástí středního (Čechy, Morava, Slezsko, Slovensko, Podkarpatská Rus) a velkého znaku Československé republiky (dále ještě Těšínsko, Opavsko, Ratibořsko), a zemských vlajek, které součástí státní vlajky československé nebyly. Zemský znak mohl změnit jen parlament zákonem, zemskou vlajku mohlo změnit Ministerstvo vnitra. Ale žádná změna zemské vlajky se nekonala.