Ta má kompetence v oblasti trestního řízení a plní úlohu policejního orgánu již od roku 1995. V rámci rezortu i mimo něj (například kolokvium Kompetence a činnost Celní správy, celnictví v Evropské unii na půdě Senátu) probíhaly od roku 2007 pravidelné diskuze na téma rozšíření těchto kompetencí s cílem využít potenciálu a odbornosti Celní správy zejména ve vztahu k řešení daňové trestné činnosti. Tento záměr byl částečně naplněn s účinností od 1. 8. 2016, kdy Celní správa získala možnost prověřovat všechny případy krácení DPH. Před touto změnou byla v rámci trestního řízení příslušná zejména k odhalování krácení těch daní, jejichž je správcem, tedy spotřebních a energetických daní a DPH při dovozu (tedy marginální části DPH).

Ministerstvo financí nyní předložilo do mezirezortního připomínkového řízení novelu, jejíž součástí je:
rozšíření kompetencí k prověřování zkrácení i ostatních daní (zejména daní z příjmů) a související trestné činnosti,
získání kompetence k vyšetřování trestných činů.

„Již dnes Celní správa z důvodu větší specializace a odbornosti v této oblasti přirozeně odhaluje a dokumentuje daňovou trestnou činnost, přičemž po jejím zadokumentování ji ve fázi přípravného řízení musí předat policii. To v praxi znamená, že se s celým případem policejní vyšetřovatel musí seznámit ze stovek stran spisu, aniž by u jeho prověřování byl od počátku,“vysvětluje ministryně financí Alena Schillerová. Dochází tak ke ztrátě minimálně několika měsíců cenných zkušeností a know-how osob, které znají daný případ a jeho okolnosti od počátku. Odstraněním tohoto mezistupně dojde ke zjednodušení, zrychlení i zefektivnění průběhu trestního řízení. „Náš návrh vychází z mnohaletých zkušeností terénních pracovníků Celní správy, kteří vnímají jako velký hendikep, že rozpracované a perfektně podrobně připravené kauzy nemohou dotáhnout do konce,“ doplňuje Alena Schillerová.

Předložený návrh významným způsobem přibližuje roli Celní správy v oblasti odhalování daňových úniků praxi běžné ve většině zemí Evropské unie, jak Ministerstvo financí informovalo již v srpnu 2016. Přitom platí, že působnost pověřených celních útvarů nebude výlučná, ale naopak společná s orgány Policie České republiky. Zda úkony policejního orgánu bude provádět Celní správa nebo Policie České republiky, záleží především na tom, který z těchto orgánů se o trestné činnosti dozvěděl dříve a na konkrétních okolnostech případu. Vyvstane-li spor o příslušnost těchto orgánů, rozhodně o něm příslušný státní zástupce, který úkony v trestním řízení dozoruje.