To se však netýká středních škol, které jsou od tohoto omezení osvobozeny.

„Rozhodla jsem, že se původně velmi přísně nastavená kritéria, co lze prodávat ve školním bufetu, rozvolní a zařídila jsem, že se vyhláška bude týkat pouze žáků plnících povinnou školní docházku, nikoliv středoškoláků," říká ministryně školství Kateřina Valachová. Potraviny nevyhovující vyhlášce se tak mohou nabízet například i na osmiletých gymnáziích, ale pouze v prostorách, do kterých nemají děti nebo žáci do splnění povinné školní docházky stálý přístup.
 
Rozhodnutím ministryně se pravidla vyhlášky nevztahují ani na potraviny a jídla, která vznikla při praktickém vyučování, aby mohli žáci své výrobky sami konzumovat. V případě "nevyhovujícího" mléka a mléčných výrobků zařazených do projektu Mléko do škol je prodloužená lhůta k nabízení těchto výrobků na základních školách do 31. července 2017, protože přesně po tuto dobu platí již dříve vyjednané evropské nařízení, na základě kterého je program vyhlašován.
 
Konkrétní požadavky na potraviny (přípustné hodnoty, limity a gramáže) připravilo do vyhlášky Ministerstvo zdravotnictví, které má danou oblast na starosti. V současné době chystá Ministerstvo zdravotnictví také metodiku, která má pomoci praktickému naplňování požadavků vyhlášky a na příkladech demonstrovat potraviny, které splňují její výživové požadavky. MŠMT nemá oprávnění a žádné možnosti do těchto požadavků na potraviny zasahovat.