NKÚ zkontroloval projekty za téměř 260 milionů korun. Z kontroly mimo jiné vyplynulo, že MŠMT při podpoře regionálního školství nezohlednilo skutečné potřeby v regionech. Při rozdělování dotací pak postupovalo v určitých případech netransparentně a znevýhodňovalo některé příjemce. Navíc nebylo důsledné při kontrolování a vymáhání dodržování podmínek dotace. Nedostatky zjistili kontroloři i u příjemců. Porušovali podmínky dotace i právní předpisy.

MŠMT vytvořilo dva programy, jeden pro speciální školství a druhý pro regionální školství. Ty měly prostřednictvím dotací zlepšit podmínky v dětských domovech, výchovných ústavech, speciálních školách zřizovaných MŠMT anebo vytvořit nové výukové kapacity v regionálních školách zřizovaných obcemi, městy či kraji. Většina prostředků tak byla určena na výstavbu, rekonstrukci nebo modernizaci těchto zařízení a zlepšení jejich vybavení.

U programu pro regionální školství MŠMT vybralo 12 projektů k podpoře, aniž by si předem zjistilo skutečné potřeby v regionech. Projekty navíc vybralo v době, kdy nemělo schválen objem peněz ze státního rozpočtu a nebyly stanoveny ani cíle programu. Více než 17 miliony korun tak podpořilo i projekty, které byly dokončeny ještě předtím, než měl celý program schválenu dokumentaci.

Kontroloři také zjistili, že resort porušoval při rozdělování dotací podmínky, které sám stanovil. Například vyplatil přes 46 milionů korun dvěma projektům, které je podle pravidel neměly dostat. V několika případech byly skutečné náklady na dotovaný projekt nakonec nižší, než se plánovalo. MŠMT ale na to nereagovalo a vyplatilo dotaci v původní výši.

MŠMT také měnilo pravidla pro poskytování a čerpání dotací a vytvářelo tím pro příjemce nerovné podmínky. V programu pro speciální školství u 7 ze 13 kontrolovaných projektů vydalo pokyny, které byly v rozporu s dokumentací celého programu. U regionálního školství pak bezdůvodně nastavilo všem pěti kontrolovaným akcím mírnější podmínky, než určovala dokumentace programu. Měnilo i povinný podíl, který má platit příjemce ze svých prostředků, nebo dobu, po kterou měl majetek pořízený z dotace sloužit danému účelu.

Zároveň MŠMT pravidla, která samo nastavilo, důsledně nekontrolovalo ani nevymáhalo, aby je příjemci dodržovali. Kontrola byla ze strany MŠMT pouze formální. NKÚ zjistil u vybraných 18 akcí jedenácti příjemců řadu vážných pochybení a ohlásil finančním úřadům podezření na porušení rozpočtové kázně za více než 86 milionů korun. Nedostatky se týkaly porušování podmínek dotace i právních předpisů. Šlo například o chyby při vypisování zakázek, uvedení nepravdivých údajů v dokumentaci k projektu, neúplné doklady nebo nedostatky v platbách dodavatelům.

Jeden z příjemců například vyplatil přes 14,8 milionu korun za stavební práce, i když ve skutečnosti dodavatel provedl práce jen za cca 6,5 milionu korun. Navíc rekonstrukce jedné budovy nebyla dokončena, takže nebyla způsobilá k užívání. Další příjemce například při zakázce na dodání vozidla hodnotil nabídky jen podle ceny a ne podle kritérií v zadávací dokumentaci. Jinému příjemci pak fakturoval dodavatel ceny, které neodpovídaly cenám uvedeným ve smlouvě.

NKÚ zjistil u MŠMT výrazné nedostatky při rozdělování dotací opakovaně i v minulosti. Doporučil proto resortu, aby přijal taková opatření, která zlepší řízení a kontrolu rozdělování dotací a zároveň sníží riziko nedostatků a následných sankcí u příjemců.