Prostředky měly pomoci zlepšit zdraví české populace, zabezpečit aktuální potřeby zdravotnictví a zajistit mezinárodně srovnatelnou úroveň výzkumu. Kontrola ale ukázala, že ministerstvo nesledovalo ani nevyhodnocovalo přínos vyplacené podpory. Navíc programy na tuto podporu nastavilo tak, že větší důraz se kladl na počet projektů a výstupů než na jejich kvalitu. Podpora měla směřovat především na výzkum využitelný v praxi, většina výstupů byly ale články a publikace.

První kontrolovaný program skončil v roce 2015 a ministerstvo na něj vyplatilo přes 3 miliardy korun. Očekávalo 415 aplikovaných výsledků, vznikly dva. Naproti tomu u publikační činnosti, která byla jen vedlejším ukazatelem výsledků podpory, vzniklo místo plánovaných 180 výstupů 2 945 článků nebo publikací. Navíc MZd u tohoto už ukončeného programu nevyhodnotilo stanovené cíle ani nesledovalo přínosy podpořených projektů.

V druhém kontrolovaném programu na roky 2015 až 2022 MZd do roku 2019 vyplatilo 4,2 miliardy korun. Ukazatele programu jsou stále nastaveny tak, že vznikají spíše publikace než praktické výsledky jako metodiky, léčebné postupy, patenty nebo software. Ministerstvo také průběžně nevyhodnocuje, jak se mu daří naplňovat cíle, které si v programu stanovilo.

Stejně jako zmíněné dva programy nastavilo MZd i program nový, který je určen na léta 2020 až 2026. Ministerstvo na něj vyčlenilo 5,5 miliardy korun. MZd od něj očekává opět zejména publikační výsledky. U nového programu také není jasné, jak jej bude MZd hodnotit. Podle ukazatelů, které si nastavilo, totiž nejde vyhodnotit, jak se podařilo cíle programu splnit. U všech tří kontrolovaných programů nekladlo MZd důraz na využitelnost výsledků v praxi, ale především na jejich množství.

Administraci podpory na aplikovaný zdravotnický výzkum zajišťuje Agentura pro zdravotnický výzkum. MZd ji založilo v roce 2014, nestanovilo jí ale jasně odpovědnost. U poskytované podpory se tak zvýšila administrativní náročnost. Kvůli komunikaci mezi ministerstvem a agenturou navíc docházelo k průtahům při uzavírání smluv a jejich dodatků s příjemci nebo při vyplácení podpory. Na agenturu také MZd v roce 2017 převedlo povinnost provádět finanční kontrolu u příjemců. Do té doby ministerstvo samo, i když mu to ukládá zákon, příjemce vůbec nekontrolovalo.

Příjemci podpory jsou většinou fakultní nemocnice a veřejné vysoké školy. NKÚ prověřil 16 vybraných a ukončených projektů za téměř 180 milionů korun. Všichni příjemci plnili podmínky podpory a nepoužili prostředky v rozporu se zákonem. Pět projektů nebylo podle kontrolorů zcela účelných a efektivních.