Kontroloři se zaměřili na část těchto údajů a odhalili nesprávnosti především v účetnictví MF a v menší míře pak i v údajích pro hodnocení plnění státního rozpočtu. V případě kontroly účetnictví kontroloři odhalili řadu nesprávností, a to zejména v podrozvahových účtech – jde o nesprávnosti za více než 31 miliard korun. Kontrola také ukázala, že v oblasti výkaznictví státu existují systémová rizika a že pro vykazování některých údajů nejsou stanovena jasná pravidla, což může ovlivnit podobu státního závěrečného účtu a účetní výkazy za Českou republiku.

Při kontrole účetnictví kontroloři odhalili případy, kde MF nesprávně účtovalo a oceňovalo, případně o kterých neúčtovalo vůbec, a případy, kdy uvedlo nesprávné informace v příloze v účetní závěrce. Právě v té NKÚ našel největší objem nesprávně vykázaných údajů. Jde například o nesprávnosti v podrozvahových účtech za více než 31 miliard korun či jiné nesprávnosti za více než 108 miliard korun v dalších částech přílohy poskytujících doplňující informace. Konkrétně šlo hlavně o chyby při vykazování garancí – MF například mělo vykázat 83 miliard korun, ale chybně vykázalo jen 83 milionů korun. V dalším případě zase vykázalo poskytnutou garanci za více než 19 miliard korun v účetní závěrce takovým způsobem, ze kterého není jasné, že stát takovou garanci poskytl.

Kontroloři také zjistili, že MF nevytvořilo žádné účetní rezervy ani nesnížilo hodnotu některého majetku, což zkresluje údaje o stavu jeho majetku či faktických závazcích, a to až o desítky miliard korun. Reforma účetnictví státu z roku 2010 přitom po MF požaduje, aby tyto kroky provádělo. Pokud resort tyto nedostatky nenapraví, nesprávnosti ovlivní sestavení účetních výkazů za Českou republiku.

Nedostatky kontrola odhalila i na systémové úrovni. Vykazování některých údajů o dluzích v závěrečných účtech kapitol státního rozpočtu nemá stanovena jasná pravidla. Kvůli řadě možných přístupů tak může docházet k různému ocenění a vykazování údajů o státním dluhu. MF by podle NKÚ mělo zajistit jasná pravidla pro vykazování aktiv a dluhů v závěrečných účtech kapitol státního rozpočtu i ve státním závěrečném účtu jako takovém. To umožní, aby byly vykazované údaje lépe srovnatelné i kontrolovatelné.

Systémové nedostatky pojmenovali kontroloři i v oblasti vedení účetnictví, konkrétně v případě údajů vykazovaných na podrozvahových účtech. Jedná se zejména o nejasnou vypovídací hodnotu informací o podmíněných aktivech a pasivech z důvodu variantnosti přístupu k jejich oceňování.

Jako příklad míry dopadu možného používání různých přístupů lze uvést, že pokud by MF k oceňování některých účetních případů vykazovaných na podrozvahových účtech přistupovalo jiným možným způsobem a své přístupy podle toho sjednotilo, lišily by se vykázané údaje oproti údajům v účetní závěrce za rok 2015 o více než 100 miliard korun. I v tomto případě NKÚ doporučuje, aby MF doplnilo a upřesnilo předpisy regulující účetnictví organizačních složek státu, aby se zamezilo neodůvodněnému používání různých přístupů ke stanovení ocenění podrozvahových skutečností a účtování o nich.