Žádosti hodnotila a doporučovala ke schválení Ekonomická rada AV ČR. Definitivně o podpoře jednotlivých akcí rozhodoval Akademický sněm AV. Například v roce 2011 Akademická rada AV takto z 90 projektů vyřadila 36 akcí a naopak 21 na seznam doplnila, uvádí zpráva NKÚ. Celkem AV za posledních šest let schválila stavební investice za 2,6 miliardy korun a nákup nákladných přístrojů za dalších 398 milionů korun.

Poté, co pracoviště stavbu nebo její etapu dokončila, měla podle pravidel předložit zprávu o jejím ukončení, kolaudační rozhodnutí a přehled skutečných nákladů. Ani jedna z kontrolovaných výzkumných institucí to podle kontrolorů neudělala. AV tak neměla informace o tom, jestli příjemci dotací splnili podmínky pro jejich čerpání a zda investovali poskytnuté peníze hospodárně a efektivně.

Jednotlivá pracoviště AV měla vypracovat jako podklad pro rozhodování o přidělení dotace koncepci svého stavebního rozvoje. Kontroloři zjistili, že ani jedno z kontrolovaných pracovišť tuto koncepci nevypracovalo. Pracoviště navíc opakovaně předkládala nekompletní žádosti o dotace. Na nízkou úroveň žádostí přitom podle NKÚ upozornila už v roce 2007 Ekonomická rada AV. Akademie věd přesto schválila dotace na některé akce, u nichž chyběla kompletní žádost.

Výzkumná pracoviště podle NKÚ chybovala zejména při zadávaní veřejných zakázek. Pracoviště například zahájila stavbu ještě před ukončením soutěže nebo nevyloučila nabídky uchazečů, kteří neměli požadovanou kvalifikaci či nesplnili zadávací podmínky.

Příjemci dotací podle NKÚ porušili také stavební zákon a nedodržovali smlouvy s dodavateli, když po nich například nevymáhali pokuty za pozdní dokončení a předání stavby. U 15 ze 108 zkontrolovaných stavebních akcí příjemci dotací neuchovali úplnou dokumentaci. Kontroloři tak nemohli posoudit, jestli pracoviště postupovala při výběru dodavatelů v souladu se zákonem o veřejných zakázkách.