Ve zprávě za rok 2013 úřad například uvedl, že stát nehospodárně vybíral některé příjmy, málo účinně vymáhal daňové nedoplatky a nedodržoval pravidla pro poskytování dotací. Kvůli nehospodárnému nakládání s majetkem a penězi přichází státní rozpočet ročně o miliardy korun, konstatoval tehdy NKÚ. Úřad také často poukazuje na nehospodárné utrácení peněz nebo na neprůhledné zadávání veřejných zakázek.

Loni úřad mimo jiné zjistil, že se prodražuje modernizace vodních cest, ačkoli podíl vodní dopravy na nákladní přepravě zůstává zanedbatelný. Zjistil také, že Ministerstvo práce nehospodárně pořizovalo budovy pro své organizace nebo že Ministerstvo kultury se ve svém hospodaření dopouštělo milionových chyb.