Česko podle nevládních organizací nedokáže uprchlíkům zajistit odpovídající ochranu. Dalším terčem kritiky je to, že uprchlíci jsou často údajně zbavováni svobody protiprávně, stát omezuje jejich pohyb, zabavuje jim peníze a umísťuje je do detenčních zařízení, kde jsou nehumánní a ponižující podmínky.

Neziskové organizace upozornily na to, že byly zaznamenány případy, kdy byly rozděleny rodiny běženců, které byly následně umístěny do různých zařízení. „Jakékoli umísťování dětí-migrantů a rodin s dětmi do detenčních zařízení přitom hrubě odporuje nejlepšímu zájmu dítěte a jeho právu na příznivý vývoj a v konečném důsledku může vyústit až v nelidské či ponižující zacházení,“ uvedla právnička Ligy lidských práv Anna Hofschneiderová.

Nevládní organizace zaznamenaly několik případů, kdy si uprchlíci stěžují na to, že jim po zadržení policisté dali pouta na zbytečně dlouhou dobu. Uprchlíkům se na zveřejněných videích často také nelíbilo jejich putování mezi detenčními zařízeními, podmínky, které tam panují či zabavování mobilních telefonů. Někteří tvrdili, že přišli o většinu zabavených peněz a neměli pak na další cestu po propuštění ze zajišťovacích zařízení.