„Jak jsem již řekl, pozice politického náměstka je pro mě neakceptovatelná. Je to formální funkce s řidičem a o to nestojím. Jsem odborník a nikdy jsem nebyl členem politické strany,“ řekl serveru Wagenknecht. O svém dalším působení zatím jasno nemá, zvažuje prý nějaké pracovní nabídky. „Prioritní pro mě je a bude prosadit zákon o vnitřním řízení a kontrole ve veřejné správě a doufám, že práce na něm s mým odchodem neskončí,“ dodal.

Šestatřicetiletý Wagenknecht, kterého Babiš na ministerstvo sám přivedl, se v posledních měsících dostal do sporu s ministryní pro místní rozvoj Karlou Šlechtovou (za ANO). Auditorský tým, který pod Wagenknechta spadá, tvrdil, že tendr na monitorovací systém evropských fondů MS2014+ provázelo množství závažných chyb. Tento závěr potvrdila Evropská komise.

Auditoři ve zprávě poslané do Bruselu mimo jiné uvádějí, že zakázka byla vyhlášena jinak, než jak schválila vláda. Vítězný uchazeč byl podle auditu zvýhodněn, protože nesplnil kvalifikační předpoklady. Také hodnocení nabídek prý bylo netransparentní a nepřezkoumatelné. Audit kritizoval i to, že náklady na každoroční servis monitorovací aplikace jsou dvojnásobné než samotné její pořízení.

Šlechtová audit označila za neprofesionální a opřený o spekulace. Prohlásila, že kvůli němu je ohroženo čerpání fondů v programovém období 2014 až 2020. Na konci dubna vláda rozhodla, že systém proplatí ze státního rozpočtu. Státní pokladna tak přijde o stovky milionů korun.

Wagenknecht je v krátké době druhým náměstkem, kterého Babiš odvolal. V květnu skončil ve funkci Martin Pros, který předtím požádal Českou národní banku o prověření možných manipulací s pražskou mezibankovní sazbou PRIBOR.