Kvůli záplavám bylo evakuováno 847 osob, přičemž 53 lidí bylo nutné před rozbouřeným živlem zachránit. Jeden člověk přitom utrpěl zranění a dva případy skončily smrtí.

Voda zasáhla i 145 mostních konstrukcí. Po prvotní prohlídce se ukázalo, že stav 79 z nich budou muset posoudit odborníci. Zatím jich zkontrolovali 59.
Během stavu nebezpečí od 2. do 19. června 2013, který vyhlásil hejtman Jiří Zimola, zasedal osmkrát Krizový štáb Jihočeského kraje. V terénu bylo nasazeno 516 profesionálních jednotek hasičského záchranného sboru, 739 jednotek sborů dobrovolných hasičů obcí, 20 vojáků Armády České republiky a 273 policistů, kteří museli v prvních dnech mimo jiné uzavřít 40 zaplavených komunikací. Počet výjezdů zdravotnické záchranné služby se kvůli zdravotním potížím, které lidem způsobilo hlavně psychické vypětí, vzrostl o 20 procent. Plošný monitoring situace a zajišťování humanitární pomoci zajišťoval Panel nevládních neziskových organizací.

„Je třeba vyzdvihnout, že všechny složky integrovaného záchranného systému zvládly situaci bez problémů a potvrdily, že jejich vzájemná spolupráce se dlouhodobě drží na vysoké úrovni,“ zdůraznil Zimola. „Jedno velké díky samozřejmě patří i dobrovolným hasičům, ostatním dobrovolníkům, členům krizového štábu, pracovníkům neziskových organizací a prostě všem, kteří pomáhali, či stále ještě pomáhají, s velkou vodou bojovat,“ dodal.

Na vzniklou situaci zareagoval přímo i Jihočeský kraj. Z rozhodnutí hejtmana byla z krizové rezervy poskytnuta okamžitá pomoc 146 jednotlivcům nejvíce zasažených povodní, kterým kraj poslal 2,6 milionu korun. Kraj nechal zřídit i povodňové konto, dnes ráno, tedy ve čtvrtek 27. června 2013, se na něm sešlo již 402 030 korun. „Rada kraje dnes ráno navíc schválila přijetí daru na toto konto od Kraje Vysočina ve výši 600 tisíc korun,“ doplnil hejtman Jiří Zimola.
A dále kraj podal na ministerstva pro místní rozvoj a financí podklady pro obnovu území po záplavách. Na jejich základě budou ministerstva vyhlašovat grantové programy finanční pomoci.