NKÚ dlouhodobě upozorňuje na to, že nespolehlivost údajů a vysoká míra nesprávností v účetnictví u jednotlivých ministerstev ohrožuje cíle účetní reformy, která proběhla v roce 2010. Údaje z účetnictví slouží jako zdroj informací k řízení veřejných financí. Účetní reforma měla tedy zajistit jejich spolehlivost. Národní účty by se měly opírat o spolehlivé údaje právě z účetnictví vládního sektoru. Závažné nedostatky v účetnictví ministerstev proto mohou negativně ovlivnit konsolidované účetní výkazy za Českou republiku.

V účetnictví MPSV zjistili kontroloři významné nesprávnosti celkem za 8,4 miliardy korun. Nejvýznamnější nedostatky se týkaly například účtování o výnosech z předfinancovaných projektů z operačního programu „Lidské zdroje a zaměstnanost“ za více než 4 miliardy korun. MPSV je zaúčtovalo až v roce 2016, ale mělo tak učinit už o rok dříve. Ministerstvo také neúčtovalo o dlouhodobých podmíněných závazcích z uzavřených smluv. Nesprávnost za více než 627 milionů korun měla dopad na vykázané zůstatky podrozvahových účtů. Kvůli takovým nedostatkům pak podrozvahové účty podávají nesprávné informace o nárocích na budoucí rozpočty.

Podle kontrolorů vedlo MPSV v roce 2016 neprůkazné účetnictví a neprovedlo řádnou inventarizaci svých účtů. Ministerstvo často měnilo účetní software a údaje, které do něj vkládalo, nebyly dostatečně podrobné. Od roku 2011 změnilo MPSV svůj účetní software třikrát, naposledy v roce 2016. Přechod na nový systém ale nemělo dobře připravený. Nedostatky byly už v počátečních stavech nastavených v účetním systému.

Kvůli neprůkaznosti účetnictví nemohl NKÚ vyhodnotit, jestli účetní závěrka MPSV za rok 2016 podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví a finanční situace ministerstva. Nelze tak zhodnotit její spolehlivost. Ze stejného důvodu nemohl NKÚ posoudit ani to, zda jsou údaje závěrečného účtu v souladu s údaji z účetnictví.

Kontroloři zjistili nedostatky také v údajích předkládaných pro hodnocení plnění státního rozpočtu. Tyto údaje mají podat detailní informace o pohybech prostředků státního rozpočtu, tedy o příjmech a výdajích ze státního rozpočtu. Díky nim lze sledovat předpokládané příjmy, odhadnout výdaje a sledovat jejich skutečné plnění. Nesprávnosti v těchto údajích podle NKÚ přesáhly 143 milionů korun.