Náhlé oteplení a vydatné srážkové činnosti, zejména ke konci března 2006, způsobily rychlé odtávání sněhové pokrývky. Důsledkem toho došlo ke značným nárůstům průtoků na vodních tocích. Ve dnech 26. 3. až 3. 4. 2006 byly na území ve správě Povodí Moravy, s. p. zaznamenány dvě povodňové vlny.

Již od 26. 3. 2006 docházelo k vzestupům hladin některých vodních toků s dosažením stupňů povodňové aktivity (SPA). Od 27. 3. do 29. 3. docházelo vlivem dalších vydatných srážek k razantním nárůstům průtoků. Ve většině sledovaných profilů na vodních tocích byly dosaženy III. SPA. Kulminace hladin ve sledovaných profilech vysoce přesáhly hranice III. SPA. Vodní stavy odpovídající III. SPA byly dosaženy ve 32 sledovaných profilech.

Vlivem další srážkové činnosti docházelo od 31. 3. do 1. 4. k druhé povodňové vlně, kdy kulminace na některých profilech byly vyšší než v případě první vlny (např. Balinka, Svratka, Jihlava, Oslava, Moravská Sázava atd.). Během dalších dnů docházelo k mírným poklesům hladin.

V povodí Dyje se kulminační průtoky převážně pohybovaly v rozmezí pěti a dvacetileté povodně, místy padesátileté, na Dyji nad VD Vranov dokonce až pětisetleté a v úseku pod VD Vranov dvousetleté povodně. V povodí Moravy po soutok s Dyjí kulminace odpovídaly průtokům pětileté až dvacetileté, na samotné řece Moravě stoleté povodně.

V různých oblastech povodí Moravy postupně docházelo ke zvyšování SPA, rozlivům vody nejdříve do inundací, polí, lesů a dalších neobydlených částí území. Později docházelo k postupnému zaplavování sklepů a na některých místech i obydlí. Povodňové komise v různých částech území vyhlásily stav ohrožení, některá města evakuovala obyvatele. Mimořádné situace nastaly v důsledku překročení kapacity ochranných hrází a jejich přelití či destrukci (např. protržením hráze Cholinky a řeky Moravy došlo k zaplavení tří městských částí Olomouce).

Nejtragičtějším dopadem jarní povodně 2006 je ztráta 9 lidských životů. Jarní povodeň 2006 způsobila na území ČR škody, jejichž celková výše dosáhla 5 mld. Kč. Povodeň byla plošně rozsáhlá, postihla 799 obcí a v sedmi krajích bylo nutné vyhlásit stav nebezpečí.

Povodeň zasáhla svým rozsahem téměř celé území ve správě Povodí Moravy, s. p. Vodohospodářský dispečink Povodí Moravy, s. p. předával několikrát denně informační zprávy povodňovým orgánům a účastníkům ochrany před povodněmi. Od 29. 3. 2006 do 10. 4. 2006 zasedal nepřetržitě Krizový technický štáb Povodí Moravy, s. p. Štáb vyhodnocoval průběžně situaci v celém povodí, rozhodoval o zásadnějších operativních manipulacích, předkládal příslušným povodňovým komisím (krizovým štábům krajů) návrhy na úpravy manipulací dle aktuální situace. Současně s tím pak vodohospodáři vydávali pokyny pro zabezpečovací práce na tocích a vodních dílech.

Na mnoha místech probíhaly záchranné a zabezpečovací práce, které vzhledem k rozsahu povodně byly téměř na celém území povodí. Jednalo se zejména o odstraňování překážek z vodních toků a objektů, odčerpávání vody z objektů, budování pytlových bariér, zajišťování kanalizačních výustí, zabezpečení náhradních zdrojů, dopravního značení, evakuace atd. „Povodňová situace byla výjimečná tím, že postihla téměř celé spravované povodí. Na průběh povodně a zmírnění jejího dopadu ale měla pozitivní vliv všechna protipovodňová opatření. V povodích s přehradními nádržemi se velmi příznivě projevilo jejich předpouštění v zimních měsících, zejména největších nádrží jako jsou Vranov, Vír, Mostiště a další,“ vzpomíná ředitel pro správu povodí Antonín Tůma z Povodí Moravy, s. p.

Velmi výrazným způsobem zmírnily celkové škody na majetku a zdraví obyvatel vodohospodáři manipulacemi na vodních nádržích. „Významnou úlohu sehrálo VD Vranov, díky kterému nedošlo ve Znojmě k žádnému výraznému zaplavení obytné zóny. Stejně tak byly zásadním způsobem ochráněny před škodami i další obce a města u Dyje, včetně Břeclavi. Vlivem transformace ve VD Mostiště byla kulminace Oslavy posunuta o 4 hodiny. VD Brno významnou transformací přispělo k ochraně jižní části Brna, k ochraně Židlochovic a také k řešení situace pod VD Nové Mlýny. Ve VD Vír bylo celkově zachyceno 26,6 mil. m3 vody. Ke zmírnění či zpomalení kulminace povodně přispěly i vodní nádrže Nové Mlýny, Bystřička, Slušovice, Plumlov, Letovice, Boskovice a další,“ popisuje Tůma. Průběh povodní v dolním úseku Dyje pod vodním dílem Nové Mlýny a v Moravě pod Hodonínem byl významně ovlivněn také řízeným odlehčením do průtočné inundace Bulhary – Břeclav, do poldru Přítluky a do oblasti inundačního území Soutok mezi Dyjí a Moravou.

Bezprostředně po povodni na jaře 2006 byla spolu s odstraňováním povodňových škod zahájena také příprava a realizace nových protipovodňových opatření v povodí Moravy. V rámci zvyšování míry ochrany před povodněmi, přípravy efektivních technických opatření vytvářejících akumulační a retenční prostory a výstavy PPO v intravilánech měst a obcí investovalo Povodí Moravy, s. p. od roku 2007 do ochrany obyvatelstva a jejich majetku před povodněmi prostředky v hodnotě více než 3,1 mld. korun. Prostředky poskytlo Ministerstvo zemědělství v rámci druhé a třetí etapy programu Podpora prevence před povodněmi. V rámci čtvrté etapy, která probíhá od roku 2019, pak Povodí Moravy, s. p. předpokládá další investice v hodnotě 1,2 mld. korun.

Celkové povodňové škody na celém území povodí Moravy dosáhly téměř 2,5 mld. korun, přičemž 814 mil. Kč byly škody způsobené na vodohospodářském majetku Povodí Moravy, s. p. „Přestože tato povodeň měla mimořádný rozsah a charakter, nelze v období klimatické změny vyloučit, že nenastane v blízkém období situace ještě hrozivější. Otázka dalšího zdokonalení protipovodňových opatření je proto stále aktuální,“ doplňuje Tůma.

Povodí Moravy, s. p. proto bude pokračovat v přípravách a realizaci protipovodňových opatření města a obcí. V nedávné době byla dokončena protipovodňových ochrana např. v městech Břeclav, Svitavy či Pohořelice, probíhá stavba protipovodňové ochrany Olomouce, Hranic, Kunovic a Uherského Brodu a v různé fázi příprav je protipovodňová ochrana Přerova, Lipníku či Troubek.

Významné stavebné projekty v rámci výstavby protipovodňové ochrany sídel v Povodí Moravy zobrazují přiložené tabulky:

V letech 2007 – 2014 probíhal program 129 120 Podpora prevence před povodněmi II. V rámci 4 podprogramů státní podnik uskutečnil 44 akcí, z toho bylo 11 převzato po Zemědělské vodohospodářské správě po její transformaci do podniků povodí k 1. 1. 2011. Celkové vynaložené náklady byly 1 770 mil. Kč.

Stavby realizované v II. etapě PPO:

V následujících 6 letech proběhla realizace III. etapy protipovodňových opatření program 129 260 Podpora prevence před povodněmi III (2014 -2019), v rámci které Povodí Moravy, s. p. realizoval investice do výstavby ochrany měst a obcí v hodnotě 1 400 mil Kč.

Stavby realizované v III. etapě PPO – trvání do roku 2019:

Zvyšování míry ochrany před povodněmi, příprava efektivních technických opatření vytvářejících akumulační a retenční prostory a výstavba PPO v intravilánech měst a obcí pokračuje čtvrtou etapou. Dotační program 129 360. „Podpora prevence před povodněmi IV“ probíhá od roku 2019. Program navazuje na úspěšné předchozí etapy realizované od roku 2002. V rámci této etapy Povodí Moravy, s. p. realizuje tři rozsáhlé stavby, dvě aktuálně zahajuje a dvě připravuje. Předpokládané vynaložené náklady v rámci čtvrté etapy dosahují výše 1 219 mil. Kč.

Stavby realizované v IV. etapě PPO – trvání od roku 2019:

Vliv vodních nádrží během povodně na jaře 2006: