Kontroloři se zaměřili na správnost, úplnost a průkaznost údajů. Podle kontrolorů účetní závěrka MŠMT za rok 2015 podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví. NKÚ prověřil vedení účetnictví MŠMT už v minulosti. Z výsledků aktuální kontroly vyplynulo, že MŠMT většinu nedostatků, které mu kontroloři vytkli v minulých kontrolách, odstranilo.

Kontroloři mimo jiné analyzovali skutečnosti, které měly vliv na vývoj podmíněných závazků v letech 2010 až 2015. Ty totiž souvisí s nároky na budoucí rozpočty. Kontroloři porovnali výše podmíněných závazků z účetních závěrek jednotlivých ministerstev za rok 2015 a zjistili, že nejvíce se na celkových podmíněných závazcích ve výši 410 miliard korun podílí Ministerstvo financí, Ministerstvo dopravy, Ministerstvo obrany a právě MŠMT.

V účetní závěrce MŠMT za rok 2015 byly nesprávnosti, jejichž hodnota převyšuje 665 milionů korun. Nejvíce se na nich podílelo chybné účtování o podmíněných závazcích z transferů. Navzdory těmto nesprávnostem podává účetnictví MŠMT věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví, protože nesprávnosti ve svém souhrnu nepřekročily takzvanou hladinu významnosti1, kterou kontroloři pro tuto kontrolu stanovili ve výši 2,8 miliardy korun. Kontroloři prověřili i údaje sloužící k hodnocení plnění státního rozpočtu za rok 2015 a zjistili, že MŠMT významně nechybovalo. Zásadní pochybení kontroloři nezjistili ani při prověřování závěrečného účtu za rok 2015.