Prvá pochybnost se týká jeho konverse ke katolicismu v šedesátých letech. Jako příčinu svého „obrácení“ uvádí Mons.Halík často G.K.Chestertona,  pravověrného katolíka a přesvědčeného tomistu, autora nádherné knihy o sv.Tomáši Aquinském a také výroku o  „křesťanské výšině a buddhistické propasti“. Ten se musí obracet v hrobě kvůli Halíkově přezíravému postoji vůči scholastické filosofii, což je dle Chestertona  právě to nejcennější, co katolické křesťanství odlišuje od ostatních náboženství, založených více méně na mýtech. Samotnému Halíkovu „obrácení“ lze jen těžko porozumět, neboť jeho současné  myšlení a heterodoxní postoje nejsou snad ani katolické, ani protestantské, ale nejsou dokonce snad ani křesťanské. Halík navíc se svým deklarovaným postojem k Bohu-Stvořiteli by se neměl opovažovat  vstupovat nejen do každého kostela křesťanského, ale ani do  mešity a synagogy!

Bezprostředně po své „konversi“ obhajuje Halík na Karlově universitě  v roce 1972 svou rigorózní práci „Křesťanství jako utopie. K dialektice dějin křesťanského sociálního myšlení“, za niž byl údajně tehdy oceněn Ústavem atheismu.

Další pochybnosti vyvstávají s jeho tajným kněžským svěcením, ke kterému došlo v roce 1978 v německém Erfurtu. Sám fakt, že se Halík nechal vysvětit mimo vlastní diecézi vyvolává podezření. Vzhledem k tomu, že mu bylo za komunistického režimu umožněno studovat  na Karlově universitě, nebylo tehdy důvodu, proč by byl nemohl pokračovat v řádném  studiu bohosloví na kněžském semináři v Litoměřicích, kdyby se chtěl opravdově věnovat duchovenské činnosti, podobně jako kardinálové M.Vlk a D.Duka. Při jeho  vysvěcení  biskupem Aufderbeckem v roce 1978 bylo v podstatě  porušeno tehdy platné kanonické právo CIC 1917, neboť Halík nemohl předložit doklad o náležitém teologickém vzdělání, které toto právo od svěcence  vyžadovalo.

Po sametové revoluci strávil Halík nějaký čas studiem na Papežské Lateránské universitě v Římě, kde mu byla (po obhajobě práce v češtině!) v roce 1992 udělena  akademická, nikoliv doktorská  hodnost licenciáta teologie Th.lic. Velké pochybnosti jsou i o jeho doktorské hodnosti. Aniž by absolvoval doktorské studium  teologie zakončené řádným doktorátem v Římě nebo v Praze, získal Halík v témže roce 1992  na Papežské teologické fakultě ve Wroclawi  vyšší docentskou hodnost ThDr.hab. Tím byly porušeny dokonce i polské zákony, které pro udělení hodnosti Dr.hab. vyžadují od uchazečů předchozí řádný doktorát v oboru. K tomu došlo tím způsobem, že Halík ve Wroclavi předložil svou habilitaci „Katolická kultura a česká společnost po II.vatikánském koncilu“, za níž mu byl již předtím  Karlovou universitou 21.5.1992 udělen titul docenta v oboru sociologie. Papežská teologická fakulta Halíkovi posléze udělila  v roce 1992 na základě  téže habilitační práce titul habilitovného doktora teologických věd (!)  čemuž by odpovídal u nás docent teologie.  Diplom s číslem 3 byl Halíkovi  vystaven dva roky poté dne 29.9.1994. Mons.Halík se tím ve Wroclawi dopustil jasného akademického podvodu. Není možné, aby někdo mohl získat za tutéž práci vědecko-padagogické tituly v různých oborech, jednou sociologie u nás a  teologie v Polsku!  Je také naprosto zřejmé, že Prof. Halík  používá svůj titul Th.D.  za jménem neoprávněně, neboť řádné doktorské studium teologie nikde neabsolvoval. A čestný doktorát  teologie Oxfordské university, který mu bude udělen teprve 22.června 2016, uvádí prof. Halík  také už  dávno předtím ve svém životopise.      

O vztahu víry a pochybování  s Mons.Halík často zmiňuje ve svých mediálních vystoupeních. Pro Mons.Halíka je totiž pochybování základním motivem jeho svérázné teologie, v níž zdůrazňuje imanenci závislou na lidském subjektu oproti transcendenci, oživuje neoplatonský pohled na nepochopitelnost Boha, a dokonce nevěří v Boha-Stvořitele. Halíkovo náboženství je filosoficky existenciální a nezakládá se na jistotě učení Ježíše Krista, ale spíše na pochybách apoštola Tomáše. Mons. Halík neoddělitelně spojuje víru s pochybováním, u něhož má za to, že pochází přímo od Boha (!).  Pochyby představují pro Halíka zralost víry (!) a jsou i hlavním tématem  jeho knihy „Co je bez chvění, není pevné, labyrintem světa s vírou a pochybností.