Formulace cílů a odpovídajícího nastavení indikátorů schválila Evropská komise. OPPI významně přispěl k vývoji a růstu české ekonomiky a k rozšíření rozsahu výroby. Přispěl též ke zvýšení počtu inovací.

Dne 11. 1. 2016 zahájil Nejvyšší kontrolní úřad na MPO Kontrolní akci č. 16/01 s názvem „Peněžní prostředky Evropské unie a státního rozpočtu určené na financování opatření v rámci operačního programu Podnikání a inovace (OPPI) z hlediska dosažení cílů“. Kontrola se týkala operačního programu, jehož parametry byly nastaveny již v roce 2006 pro období 2007 až 2013. MPO zdůrazňuje, že současný OP PIK je nastaven co do cílů programu a jejich ukazatelů mnohem robustněji a má nastavena striktnější a měřitelnější kritéria jejich plnění.

Odbor implementace OPPI ve věci nesplnění cílů a neprovázanosti na monitorovací indikátory a závazné ukazatele zcela odmítá přístup NKÚ a jeho tvrzení o jejich nesplnění. Formulace cílů a odpovídajícího nastavení indikátorů, které je mají vyjadřovat, schválila Evropské komise. To není pouze formalita, ale zásadní rozhodnutí, kterým je stvrzeno řádné nastavení programu. Navíc, aby EK mohla splnit svou informační povinnost vůči Radě, byly jí předávány požadované každoroční zprávy v podobě Výročních zpráv OPPI, jejich součástí byly periodické údaje stavu operačního programu. EK tak měla možnost vyjádřit se k provázanosti a měřitelnosti cílů a indikátorů ve vztahu k vydaným finančním prostředkům. Systém nastavení nebyl nikdy rozporován.

Řídicí orgán nemohl schválené formulace cílů operačního programu ani zvolené ukazatele smysluplně změnit ani doplnit, neboť kontrola NKÚ proběhla po ukončení programu, proto postrádá smysl vyvozovat z nich tyto závěry.