V atmosféře všeobecného podezírání a čistek, která panuje v takzvané Doněcké lidové republice, byl pan Kozlovský v lednu roku 2016 zatčen orgány samozvaného Ministerstva státní bezpečnosti a od té doby držen ve vazbě. Až v květnu 2017 proběhl s panem Kozlovským v Doněcku soud. Vojenský tribunál jej jakožto odsoudil za to, že byl v roce 2014 členem politické strany „Svoboda“, kterou takzvaná Doněcká lidová republika v roce 2015 zakázala. Igor Kozlovský byl odsouzen nepodmíněně k odnětí svobody na 2 roky 8 měsíců. Vojenský tribunál přitom neumožňuje odvolání. Při jednání soudu byli přítomni představitelé OSN i některých diplomatických misí, kteří odsoudili proces jako zpolitizovaný.

Pan Kozlovský byl ještě před zatčením ve špatném zdravotním stavu, je například nemocen se srdcem. Jeho zdraví se ve vězení doněcké státní bezpečnosti výrazně zhoršovalo. Jeho vězněním navíc trpěl i na něj odkázaný postižený syn. Jeho rodina k němu neměla více než rok vůbec přístup a postrádala dokonce základní informace o jeho zdravotním stavu či místě uvěznění.

Ukrajina se od začátku věznění snažila o to, aby byl pan Kozlovský včleněn na seznam válečných zajatců podle Minských dohod. Na oficiální žádosti v kontaktní skupině však představitelé takzvané Doněcké lidové republiky nereagovali.

Pan prezident již v létě 2016 apeloval na “předsedu” takzvané Doněcké lidové republiky Zacharčenka a neformálně jej požádal o propuštění vězněného Igora Kozlovského či o informaci o jeho stavu. Administrace tzv. Doněcké lidové republiky však nereagovala a žádost pana prezidenta motivovanou ryze humanitárními důvody ignorovala.

Pan prezident tedy toto téma osobně otevřel při jednání s prezidentem Ruské federace Vladimirem Putinem dne 21. 11. 2017. Předpokládaje, že Rusko může neformálně jakožto účastník minských rozhovorů a dalších formátů konání doněckých představitelů snadno ovlivnit, prezident Zeman požádal Vladimira Putina, aby pomohl zasadit se za to, aby byl Igor Kozlovský zahrnut do minských seznamů válečných zajatců a vyměněn za zadržené povstalce, které vězní Kyjev. Vladimir Putin ihned přislíbil, že se s případem blíže seznámí a bude-li moci, pomůže.

Dne 27. 12. 2017 byl Igor Kozlovský zahrnut do výměny zajatců mezi Kyjevem a Doněckem a letecky dopraven do Kyjeva. Celkem bylo z Doněcku vyměněno 74 lidí. Od té doby Igor Kozlovský rehabilitoval v sanatoriu u Kyjeva. Do budoucna chce pokračovat ve výzkumné a přednáškové činnosti a také obnovit projekty Centra religionistických výzkumů a mezinárodních duchovních vztahů.

Do Prahy přijel Igor Kozlovský jako host festivalu dokumentárních filmů Jeden svět. Při té příležitosti požádal o setkání s panem prezidentem.