Následně vyšlo najevo, že česká vláda zaplatila za pořízení jednoho transportéru až čtyřikrát více než Portugalsko, které se též rozhodlo vybavit své ozbrojené síly pandury. Přestože se výrobce i samotná vláda brání, že české pandury jsou mnohem lépe vybaveny, jde jen poměrně těžko obhájit rozdíl téměř sto milionů korun v pořizovací ceně mezi českým a portugalským transportérem. Podezření v tomto ohledu potvrzují i slova bývalého náměstka ministra obrany Jaroslava Kopřivy, která zveřejnil deník MF Dnes. Podle Kopřivy například požadavek na obojživelnost transportérů měl cíleně navýšit cenu a zároveň zvýhodnit konkrétního dodavatele. Navíc české pandury vzápětí přišly o draze zaplacenou schopnost plavat, poté co byly dodatečně za více jak 80 milionů opancéřovány pro operace v Afghánistánu. Paradoxně tak sice české pandury mají mnohdy lepší vybavení, ale díky jeho nevhodné kombinaci objednané českou vládou se jejich efektivita na bojišti nezvyšuje, ale spíše snižuje.
Pandury se staly zároveň předmětem sporu mezi současným ministrem obrany Alexandrem Vondrou a ministrem financí Miroslavem Kalouskem. Kalousek mimo jiné svého kolegu obvinil, že měl údajně v Topolánkově vládě sám za nákup pandurů lobbovat.
Kauza Pandur tak zapadá do pestré mozaiky korupčních afér, které provázejí pravicové vlády Mirka Topolánka a jeho nástupce Petra Nečase téměř nepřetržitě již od roku 2006. Cynik by asi namítl, že Dalíkovo zatčení může být jen součástí mocenského soupeření zájmových skupin uvnitř ODS před chystaným kongresem ODS a případným hlasováním o přežití Nečasovy vlády ve Sněmovně. Vždyť vyšetřování aféry ProMoPro současného ministra obrany a Nečasova blízkého spojence Alexandra Vondry zatím vyznívá do ztracena. Přejme si proto, aby ve světle korupčních kauz současné vlády nebyl Marek Dalík poslední vlaštovkou.