Státní zastupitelství počalo fungovat v roce 1993 a bylo článkem 80 Ústavy vřazeno do moci výkonné, což se odráží v zákoně o státním zastupitelství č. 283/1993 Sb. v řadě oprávnění ministra spravedlnosti vůči resortu státního zastupitelství ( jmenování státních zástupců, určování jejich počtu, zajištění financování resortu atd. ) Jakkoliv byly tyto pravomoci oproti původnímu znění zákona o státním zastupitelství novelou č. 14/2002 Sb. významně oslabeny ( do té doby byl ministr spravedlnosti podle § 123 odst. 1 zákona o státním zastupitelství služebně nadřízen nejvyššímu státnímu zástupci a vykonával dohled nad činností Nejvyššího státního zastupitelství ), stále je závislost státního zastupitelství na moci výkonné dle stanoviska Ústavního soudu ( ze dne 23.3.2004 I.ÚS 573/02 ) natolik významná, že „ ….. zákonodárcem zvolené funkční uspořádání institucionálně nebrání možným ingerencím exekutivy do rozhodování státních zástupců….. “, přičemž „…… právě potencionalita možného účinného nátlaku brání považovat státního zástupce za orgán nezávislý, jak to má na mysli Úmluva…. “. Dalším významným faktorem oslabujícím nezávislost státního zástupce je samotná vnitřní struktura fungování státního zastupitelství, spočívající na vztazích nadřízenosti a podřízenosti jak mezi jednotlivými stupni státního zastupitelství, tak i uvnitř jednotlivých úřadů i když i zde došlo oproti bývalé prokuratuře k oslabení principů centralizace a monokracie.
Naproti tomu je zřejmé, že státní zastupitelství svoji úlohou i postavení vybočuje z rámce běžných orgánů výkonné moci a je útvarem svého druhu. Nejedná se o správní orgán, což svoji judikaturou potvrdil i Nejvyšší soud. Posláním státního zastupitelství je reprezentovat veřejný zájem, zejména v trestním řízení, což z něho činí jednoznačně orgán justiční povahy, který se podílí na uskutečnění spravedlnosti. I když zákonem o státním zastupitelství není přímo zakotvena nezávislost státního zástupce, je zde však stanoveno v § 2 odst. 2, že státní zástupci vykonávají svoji působnost nestranně a dbají na ochranu základních práv a svobod. Státní zástupce musí postupovat nestranně, spravedlivě a musí odmítnout jakýkoliv vnější zásah nebo jiný vliv, jehož důsledkem by mohlo být porušení těchto povinností ) § 24 odst. 1 zákona o st. zastupitelství ). Již novela č. 14/2002 Sb. tak posílila nezávislost státního zástupce i v tom směru, že tento nemá již za povinnost chránit zájmy státu, ale veřejný zájem, což je nepochybně pojem nadřazený. Lze si představit, že zájem státu totiž nemusí být vždy totožný s nedotknutelnými právy a svobodami občanů.
Současná vláda s ohledem na nedávné negativní zkušenosti s fungováním státního zastupitelství deklarovala ve svém programovém prohlášení další posilování nezávislosti státního zastupitelství. Pokud je tento záměr míněn skutečně vážně, nadešel čas pro vznik nového, kvalitního a moderního zákona o státním zastupitelství, neboť další případná novelizace starého by již nebyla přínosem a nedokázala by vyřešit řadu problémů, které téměř dvacetiletá praxe s fungováním státního zastupitelství přinesla. Na stole je věcný záměr nového zákona o státním zastupitelství, který má ambiciozní rozměr, ale bude ještě údajně dopracováván, jak ohlásil nový ministr spravedlnosti Pavel Blažek.
V současné době je pověst státního zastupitelství poškozena v očích veřejnosti a důvěra je na minimu. Je proto na současném novém vedení jak státního zastupitelství, tak i na čerstvém ministru spravedlnosti , kam bude ve skutečnosti další osud státního zastupitelství nasměrován a zda státní zastupitelství dostane opravdovou šanci i novým zákonem svoji pověst a důvěru občanů obnovit. Bude to vyžadovat trpělivost v jednáních, jasnou koncepci směřování, přesvědčivost argumentů, pramenících v dosavadní praxi. Není třeba zdůrazňovat, že tato doba je mnohem brutálnější a někteří politici nevědí kam až zajít ve svém podivném počínání co si k justičním orgánům vůbec dovolit. Pomyslné, nepsané hranice v této sféře se bohužel vytrácí a justice je mnohdy pojímána jen jako prostředek k dobytí, nebo udržení moci, což je nepřípustné ! Tlaky na orgány činné v trestním řízení ruku v ruce s tímto jevem proto vzrůstají v přímé úměře s obavou některých pachatelů sofistikované trestné činnosti, že budou odhaleni a konfrontováni se zákonem.
Je proto nanejvýš nutné poskytnout státnímu zastupitelství veškerou pomoc, aby své úkoly mohlo skutečně nestranně, spravedlivě a efektivně plnit. Věřím proto, že bude i novým zákonem o státním zastupitelství skutečně posílena deklarovaná autonomie státního zastupitelství, jak bylo vládou opakovaně přislíbeno, včetně finanční odluky od MS ČR a tento původní záměr se nerozplyne v trapných výmluvách a kličkované.
