Po pádu Novotného byl vybrán v březnu 1968 jako kandidát na hlavu státu a zvolen prezidentem Československé socialistické republiky jako symbol naděje a změny v době Pražského jara. Postavil se při srpnové okupaci proti vytvoření loutkové dělnicko-rolnické vlády, ovšem vedl delegaci do Moskvy,kde byl podepsán tzv.Moskevský protokol. Postupně však stále více sehrával stále smutnější úlohu stafáže nástupu Gustáva Husáka a tzv.normalizace. Byl podepsán pod tzv.pendrekovým zákonem na jaře 1969 a v době jeho prezidentství československá Bezpečnost, armáda a Lidové milice brutálně potlačily demonstrace v srpnu 1969 včetně střelby do vlastních občanů a několika obětí těchto násilných zásahů (šlo o sprosté vraždy jako například v případě Dany Muzikářové a dalších v Brně).  V 70.letech setrval v úřadu hlavy státu i přes vážné zdravotní komplikace, G.Husák jej nechal fakticky odvolat z prezidentského úřadu díky speciálnímu ústavnímu zákonu v roce 1975. Dožil v Praze-Břevnově v rodinné vilce. Zemřel v roce 1979, na poslední cestě z Hradu na Letenskou pláň na dělové lafetě jej vyprovodily i tisíce režimem nijak neorganizovaných lidí. Čest památce pana prezidenta Svobody.