Tyto prostředky na dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumných organizací rozdělovalo MŠMT dle zákonného postupu, tj. dle podílu dané instituce na celkové hodnotě výzkumných výsledků všech organizací. Hodnocení výsledků výzkumu přitom vycházelo z oficiální metodiky hodnocení výsledků výzkumných organizací, které každoročně provádí vládní Rada pro výzkum, vývoj a inovace. MŠMT dlouhodobě upozorňuje, že stávající znění zákona neumožňuje poskytovateli při hodnocení výzkumné organizace pro účely institucionální podpory zohlednit kromě dosažených výsledků další atributy výzkumné organizace.
MŠMT také odmítá tvrzení, že pravidla nastavená ministerstvem umožňují netransparentní čerpání institucionální podpory. Účely, na které veřejné vysoké školy čerpají finanční podporu, jsou velmi různorodé a liší se podle specifik jednotlivých škol a oborů. Jednotné podmínky pro čerpání podpory příjemci nejsou stanoveny ani zákonem. Navíc sám NKÚ ve své zprávě konstatuje, že při kontrole u vybraných příjemců nezjistil závažné nedostatky právě při rozdělování podpory na dlouhodobý rozvoj výzkumné organizace.
“S řadou konstatování NKÚ, zejména k problematice poskytování institucionální podpory na dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace, se ministerstvo rozhodně neztotožňuje. Velmi intenzivně spolupracujeme na současných aktivitách ke změně legislativy i dopracování metodiky výzkumných organizací tak, abychom nadále do budoucna zlepšovali prostředí pro poskytování institucionální podpory,” uvedl ministr školství, mládeže a tělovýchovy Robert Plaga. MŠMT podle něj ve sledovaném období odvedlo profesionální práci a za podstatnou považuje zejména skutečnost, že kontrola NKÚ nezjistila žádné zneužití veřejných peněz či porušení zákona.
Podrobné vyjádření MŠMT ke zprávě NKÚ naleznete ZDE
