V osmdesátých letech 20. století bylo postupně v jižních Čechách (převážně Třeboňsko a Hlubocko) vypuštěno devět orlů mořských. 

V  roce 1985, v Čechách po přibližně sto letech, vyvedli orli první mláďata poblíž rybníka Podsedkek. Druhý směr návratu hnízní populace na naše území byl přirozené šíření ze severu. Z oblasti Lužice přicházeli mořští orli z rostoucí německo-polské populace. Po překonání hranice se usadili zprvu na Břehyňském rybníku (1991), posléze v Pojizeří. Obě populace se propojily na přelomu tisíciletí.

Orel mořský je jedním z předmětů ochrany ptačí oblasti Třeboňsko a vlajkovým druhem chráněné krajinné oblasti Třeboňsko. Proto je jeho ochraně věnováno značné úsilí. V letošním roce proběhl na území Třeboňska monitoring hnízdění orlů mořských a bylo nalezeno 11 obsazených hnízd. Na řadě dalších lokalit byli pozorováni dospělí jedinci, kteří zde jistě hnízdí, avšak nepodařilo se dohledat hnízdo. Přesto lze hnízdní populaci na Třeboňsku v současné době odhadnout na 20 párů.