Zpráva především kritizuje zadávání veřejných zakázek na rozvoj a provoz Automatizovaného daňového informačního systému (ADIS) bez soutěže formou tzv. jednacího řízení bez uveřejnění (JŘBÚ). Je třeba zdůraznit, že s ohledem na zákon o veřejných zakázkách nemělo GFŘ jinou legitimní možnost zadávání úprav a provozu systému ADIS než formou JŘBÚ.

GFŘ není vlastníkem majetkových práv autorských k tomuto systému, a proto jiný postup zadávání např. v otevřeném výběrovém řízení by byl v rozporu s tímto zákonem. NKÚ navíc nepřihlédlo k tomu, že GFŘ činí kroky ke změně této situace. V roce 2018 byla v otevřeném výběrovém řízení vybrána firma KPMG Česká republika s.r.o., která má pomoci GFŘ vyřešit budoucí rozvoj daňového informačního systému a jeho architekturu. Do této doby se žádné vedení MF ani GFŘ nepokusilo tuto velice nepříjemnou situaci zastaralého a závislého systému na jednom dodavateli řešit.

K nálezu NKÚ ve věci hospodárnosti vynakládání veřejných prostředků na zajištění systému pro evidenci tržeb (EET) je třeba zdůraznit, že naopak GFŘ postupovalo s péčí řádného hospodáře, když zadalo evidenci tržeb jako rozvoj stávajícího systému ADIS. V opačném případě by kromě vybudování nového systému na evidenci tržeb muselo navíc zadat veřejnou zakázku na vybudování celé řady rozhraní na stávající systém ADIS. I bez těchto úprav byly náklady na samostatný systém EET na počátku projektu odhadnuty ve výši 945 mil Kč. Skutečné náklady varianty, pro kterou se rozhodlo GFŘ, jsou o třetinu nižší. Znamená to, že GFŘ ušetřilo přibližně 300 mil. Kč ze státního rozpočtu v porovnání se zcela novým informačním systémem EET. Nepominutelnou výhodou zvoleného řešení v prostředí ADIS je nesporně též časové hledisko, neboť harmonogram pro realizaci systému byl striktně vázán dnem spuštění I. vlny EET. Dalším rizikovým faktorem byla pak funkčnost nového neznámého systému.
Podle GFŘ nebylo k tomuto postupu nezbytné získat kladné stanovisko hlavního architekta eGovernmentu, protože se jednalo o projekt zahájený v roce 2015. Povinnost získat kladné stanovisko se vztahuje až na projekty zahájené v roce 2016. To, že GFŘ zvolilo variantu využití a rozšíření stávající infrastruktury a IS ADIS, se nakonec ukázalo jako nejvýhodnější varianta. Systém byl připraven za 6 měsíců a spuštění systému neprovázely žádné komplikace ani havárie.

Nákup potřebného technického vybavení byl proveden v otevřeném výběrovém řízení a požadavek na uchazeče být autorizován dodavatelem IS ADIS, byl logický. Důvodem uplatnění požadovaného kritéria byla skutečnost, že vítězný uchazeč, kromě samotné dodávky, musel technického vybavení nainstalovat do prostředí IS ADIS.

NKÚ dále konstatuje, že GFŘ pořídilo informační technologie, které nepotřebovalo v tak rozsáhlém množství. Kontrola nezohlednila skutečnost, že systém EET a rozšíření infrastruktury ADIS byl dimenzován na cílový stav, který zahrnoval I. až IV. vlnu náběhu elektronické evidence tržeb. Až po spuštění systému, zhruba po půl roce fungování EET, následovalo rozhodnutí Ústavního soudu České republiky, které mimo jiné odložilo realizaci III. a IV. vlny EET. GFŘ nesouhlasí s názorem NKÚ, že průměrná míra využití výpočetního výkonu serverů je 1,4 %, když ustálený odborný názor specialistů v oblasti ICT hovoří o nezbytnosti návrhu systému na předpokládané špičkové zatížení, včetně rezervy, jehož pravděpodobnost vzniku může být jednou ročně.

IS ADIS provozuje finanční správa již od roku 1993. Jedná se o velký komplexní systém, který využívá jednotnou datovou základnu. Uživatel tak není nucen přecházet z jednoho systému do jiného a zvykat si na ovládání v různých informačních systémech. Za celou dobu provozu nedošlo k havárii systému nebo dokonce ke ztrátě dat, na rozdíl od jiných velkých systémů provozovaných ve státní správě.