Členové kontrolní skupiny MZ měli za hlavní cíl ověřit soulad činnosti zdravotní pojišťovny nejen se zvláštními zákony upravujícími oblast veřejného zdravotního pojištění, zejména týkající se oblasti výběru pojistného, zajištění místní a časové dostupnosti zdravotní péče a s tím související smluvní politiku zdravotní pojišťovny. Současně posuzovali systém a procesy hospodaření a nakládání s veřejnými prostředky, a to jak pokud jde o naplňování cílů zdravotně pojistného plánu tak i pokud jde o výši a strukturu provozních nákladů. V dané souvislosti se zaměřili na nastavení kontrolních mechanismů zdravotní pojišťovny, včetně dodržování zákonných pravidel v oblasti finanční kontroly.

Převážná většina kontrolních zjištění z oblastí kontrolovaných MZ měla spíše charakter nesouladu s předpisy či obsahovala konstatování o nepřesnosti event. dílčím pochybení, ke kterým kontrolní skupina předložila příslušná doporučení. Společně se členy kontrolní skupiny z MF dále posoudili vynakládání finančních prostředků z pohledu účelnosti, hospodárnosti a efektivnosti v různých oblastech činnosti zdravotní pojišťovny.

Kontroloři MF ověřili funkčnost revizního systému a konstatovali, že adekvátně reaguje na nestandardní chování poskytovatelů zdravotních služeb. Naopak výhrady měli k bonifikačním programům pro lékaře. U nich ZPMV neposuzovala hospodárnost, efektivnost a účelnost a nenaplňovala tak zákon o finanční kontrole. Riziko nehospodárného chování bylo konstatováno také u uzavírání nových smluv s ambulantními specialisty. Jednalo se však pouze o jednotky případů, kdy nebyla provedena dostatečná předběžná řídící kontrola, nebo její závěry nebyly vzaty v potaz. Kontrola u veřejných zakázek prověřila vzorek smluv uzavřených na dobu neurčitou. Zde měla výhrady k udržování historických smluvních vztahů bez provádění průzkumů trhu.

V případě veřejných zakázek malého rozsahu nevěnovala ZPMV dostatečnou pozornost dokládání skutečností, ze kterých vyplynula exkluzivita určitých dodavatelů. ZPMV dosud až na výjimky neprováděla vyhodnocování efektů a přínosů u výdajů z Fondu prevence. U jednoho z preventivních programů nebyli dostatečně specifikováni příjemci příspěvku a čerpání neodpovídalo původnímu záměru programu.

Kontrola nekonstatovala žádná závažná pochybení ohrožující činnost pojišťovny. Nedostatky se vzhledem k celkovým výdajům pojišťovny (v roce 2017 cca 32 mld. Kč) týkaly relativně marginálních částek. ZPMV na většinu zjištěných nedostatků reagovala již v průběhu kontroly. V současnosti probíhá proces schvalování zbylých nápravných opatření, která budou předmětem následné kontroly ze strany MF a MZ.