Kontroloři se zaměřili také na správnost údajů, které agentura předkládala pro hodnocení plnění státního rozpočtu. Nesprávnosti v účetnictví za více než 5,9 miliardy korun GAČR opravila ještě v průběhu kontroly. Další významné nesprávnosti za téměř 114 milionů korun však zůstaly neopraveny. V závěrečném účtu ani ve výkazu pro hodnocení plnění státního rozpočtu neměla GAČR významné nedostatky. Ve vnitřním kontrolním systému zjistila kontrola nedostatky, které se týkaly schvalovacích postupů.

GAČR poskytuje dotace na projekty v oblasti základního výzkumu. Většina z nesprávností za více než 5,9 miliardy korun vznikla tím, že agentura neúčtovala o dlouhodobých podmíněných závazcích z nově uzavřených smluv k projektům, které měly začít v roce 2020. Po upozornění ze strany NKÚ Grantová agentura ČR tyto nesprávnosti napravila již v průběhu kontroly, a to ještě před uzavřením účetních knih za rok 2020.

V účetní závěrce však zůstaly neopravené další významné nesprávnosti za téměř 114 milionů korun. GAČR zúčtovala zálohy poskytnuté příjemcům dotací, aniž by k tomu měla průkazný doklad o jejich skutečné spotřebě. Tyto prostředky měla GAČR vykazovat jako zálohu až do doby, než jí příjemci předloží vyúčtování. S touto skutečností souvisela i další významná nesprávnost v účetní závěrce. Ta se týkala odhadované výše nákladů na transfery, tedy předpokládané spotřeby dotací. GAČR pro rok 2020 odhadla náklady na transfery ve výši 100 % poskytnuté dotace. Kontroloři však zjistili, že takový odhad nákladů je neadekvátní, neboť ke 100% spotřebě dotací v daném roce nedochází.