Jedním ze sledovaných úřadů bylo také ministerstvo zdravotnictví. Zpráva NKÚ upozorňuje především na potenciální riziko při použití velkého objemu nároků u více organizačních složek státu najednou.

„Těší mě, že Nejvyšší kontrolní úřad při kontrole nezjistil žádné závažné pochybení, které by znamenalo porušení rozpočtové kázně,“ reaguje na zprávu ministr zdravotnictví Miloslav Ludvík. Zpráva například uvádí, že Ministerstvo zdravotnictví bylo jako jedno ze dvou ministerstev schopno rozlišit, které nároky vznikly z úspor a které z přesunutí úkolů do dalších let.

Ze zprávy NKÚ také vyplývá, že Ministerstvo zdravotnictví vykazuje převážně nároky z tzv. profilujících výdajů, které jsou určeny na úhradu stejných programů a projektů, na které byly určeny v letech, kdy vznikly. Jedná se hlavně o investiční programy a programy spolufinancované z prostředků Evropské unie. Podle názoru vedení resortu je nutné dát organizačním složkám státu možnost, aby v dalších letech čerpaly prostředky, které z nějakého důvodu nestihnou v příslušném roce uplatnit. Například Strukturální fondy EU jsou rozpočtovány na sedmiletá programovací období a je tedy obtížné předem určit, jaký objem se v jednotlivých letech podaří skutečně vyčerpat.

Nároky z neprofilujících výdajů na Ministerstvu zdravotnictví vznikly převážně z nedočerpaných prostředků na program specializačního vzdělávání zdravotnických pracovníků, který byl ve svých začátcích finančně předimenzován oproti reálnému zájmu ze strany žadatelů. Možnost převodu do dalších let je tedy podle vedení resortu zcela legitimní.