NKÚ ve svém kontrolním závěru poukázal na potenciální slabá místa systému poskytování podpory VaVaI, zejména v oblasti přenosu výsledků výzkumu do praxe, což je oblast, kterou se TA ČR již delší dobu intenzivně věnuje. Prověřování ze strany NKÚ bylo zaměřené zejména na čerpání a užití peněžních prostředků státu určených na účelovou podporu výzkumu a vývoje.

Podrobná kontrola NKÚ, která v TA ČR probíhala od 17. 8. 2015 do 15. 2. 2016, se zabývala obdobím fungování agentury mezi lety 2011 a 2014. Drtivá většina připomínek tak směřovala do období krátce po vzniku TA ČR a jejího postupného etablování v systému národní podpory aplikovaného výzkumu. Zjištění NKÚ se týkala věcí, které TA ČR vlastní kontrolní činností (včetně činnosti Kontrolní rady TA ČR, jmenované Poslaneckou sněmovnou Parlamentu ČR a předkládající jí pravidelné zprávy) odhalila a postupně vyřešila průběžným zlepšováním svého fungování, využitím vlastních zkušeností a také zahraničních zkušeností v rámci evropské sítě inovačních agentur TAFTIE, jejímž je TA ČR členem. Zejména se jedná o proces výběru projektů, který od kontrolované první veřejné soutěže programu ALFA doznal významných změn. Zvláště transparentnost podmínek a problematika vyvážení poměru míry kvalifikace expertů a jejich potenciální podjatosti byla a je předmětem zlepšování hodnotících procesů v TA ČR. Tuto skutečnost NKÚ ve svém závěru uvedl.

Návazně na implementaci programů a rozvoj činností TA ČR docházelo v letech 2011-2014 k postupnému nárůstu administrovaných projektů a to k celkem přes 1200 projektovým přihláškám a 1000 realizovaným projektům ročně. To vše v roce 2014 s personální kapacitou 49 (23 v roce 2011) zaměstnanců administrujících celkem přes 4,2 mld. Kč (z toho 2,8 mld. Kč veřejných prostředků). Vzhledem k průměrné délce podporovaných projektů 3,5 roku dochází v letech 2014 a 2016 k postupnému nárůstu končících projektů a tím k zahajování dalšího z podstatných úkolů TA ČR, tedy poradenství řešitelům a uživatelům výsledků a kontroly plnění cílů a dosažení výsledků podpořených projektů.

S ohledem na zvyšující se rozpočet (podle vládou schválených programů by měl souhrn účelových prostředků ze státního rozpočtu v roce 2017 činit 4,2 mld. Kč a tedy administrativní správu více než 6,3 mld. Kč ročně včetně kofinancování) a zvyšující se počet administrovaných (přes 1000 projektů ročně) a končících projektů (přes 500 projektů ročně) vítá TA ČR závěry a doporučení NKÚ jako důležitý podpůrný argument pro dlouhodobou snahu TA ČR o navýšení personálních kapacit pro zvýšení efektivity činností v tak komplexní oblasti.

Kontrolní závěr NKÚ upozornil na problematiku využívání výsledků výzkumu v praxi, což je současně oblast, na kterou TA ČR zaměřuje nyní ještě významněji své aktivity. Řešení však nejsou jednoduchá ani rychlá, navíc je TA ČR limitována jak kapacitně, tak z hlediska svých pravomocí daných platnou legislativou.

NKÚ ve svém kontrolním závěru také upozorňuje, že TA ČR podporuje aplikovaný výzkum pouze formou dotací, zatímco v Rakousku či Finsku podobné agentury poskytují například půjčky nebo záruku. Vítáme upozornění NKÚ na tuto problematiku. TA ČR dlouhodobě podporuje systémové kroky, aby bylo využití finančních nástrojů v oblasti VaVaI možné. Aktuálně TA ČR spolupracuje s Ministerstvem průmyslu a obchodu a Českomoravskou záruční a rozvojovou bankou na přípravě možných schémat podpory.

Z celkem osmi kontrolovaných projektů, které byly ukončeny k 31. 12. 2014, u tří projektů došlo k uplatnění výsledků výzkumu do praxe již v prvním roce po ukončení výzkumu a u pěti z nich nikoliv. Podle programu by měly být výsledky výzkumu uplatněny v praxi do 3 let od ukončení projektu a tato doba není neobvyklá v případě obdobných projektů výzkumu ani v zahraničí. Žádný z osmi kontrolovaných, ukončených projektů nebyl při kontrole ani v polovině této doby. S ohledem na povahu výzkumu a vývoje považuje TA ČR období 3-5 let po ukončení samotného výzkumu pro implementaci výsledků do praxe za standardní a mezinárodně srovnatelné. Současně podle charakteru prováděného výzkumu nemusí uplatnění výsledků výzkumu v praxi vždy znamenat přímý ekonomický přínos.

Struktura výsledků dosahovaných v programech aplikovaného výzkumu a vývoje je závislá nejen na podmínkách samotného programu, ale rovněž na dalších okolnostech. Ačkoliv tzv. publikační výsledky nejsou požadovaným druhem výsledku v žádném z programů TA ČR, je naprosto běžné, že tento druh výsledků často následuje či doprovází hlavní požadovaný druh (tedy zejména prototypy, patenty, užitné vzory a další). Programy podpory aplikovaného výzkumu a vývoje se v tomto ohledu mezi jednotlivými poskytovateli příliš neliší (viz Porovnání struktury výsledků dosažených ve vybraných programech).

Za velmi důležité považujeme uvést, že zjištěné (převážně technické a organizační, navíc dnes již odstraněné) nedostatky v činnosti TA ČR, nezpůsobily podle zjištění NKÚ žádnou materiální ani hmotnou škodu. Ve zjištění NKÚ nebylo konstatováno žádné porušení zákonů, rozpočtových pravidel ani neefektivní vynakládání státních prostředků Technologickou agenturou ČR. Pozitivně se NKÚ ve své zprávě vyjádřila například k zavedenému systému procesního řízení TA ČR, řídící dokumentace a k vyhodnocování veřejných soutěží včetně kvality odborného hodnocení návrhů projektů aplikovaného výzkumu.