Námitka, že program není po více než deseti letech ukončen, je irelevantní. Finanční prostředky z programu se budou čerpat do roku 2020. Jejich rozdělení na jednotlivé tituly bylo schváleno vládou ČR již v průběhu kontroly NKÚ. Zařazování nových titulů do programu bylo také podmíněno rozhodnutím o neuskutečnění výstavby nové budovy Národní knihovny na Letné v roce 2010. Čerpání finančních prostředků bylo v průběhu realizace programu kumulováno, a to zejména v důsledku realizace jeho největších akcí v období 2017 – 2020, jakými jsou např. Rekonstrukce hlavní budovy Národního muzea, Rekonstrukce a revitalizace Klementina či Rekonstrukce historické a provozní budovy Státní opery.
K situaci svým dílem dále přispěly průtahy v zadávacích řízeních, dále pak komplikovaná projednávání úprav a samozřejmě také nepředvídatelné archeologické nálezy. Je nutné si uvědomit, že tituly, které se v rámci programu realizují, jsou ve vysoké míře zastoupeny rekonstrukcí Národních kulturních památek, kde řešení každého jednotlivého nepředvídaného nálezu památkového charakteru představuje časovou dotaci v rámci měsíců.

K námitkám NKÚ ohledně vybudování nového centrálního depozitáře UPM: důvodem delší doby posuzování a schválení zadávací dokumentace i změn způsobu zadání veřejné zakázky byly personální změny na Ministerstvu kultury (změny vedení MK), dále změna projektové dokumentace a změna původního zákona o veřejných zakázkách. Jednalo se o akci financovanou formou individuálně posuzovaných výdajů a její zadání a celý průběh realizace probíhal pod dohlednem Ministerstva financí a vlády ČR. Dobu vyhlášení veřejné zakázky, tedy rok 2013, lze po uvedeném 11 měsíčním zpoždění charakterizovat jako „krizi stavebního trhu“. Uváděné zpoždění přispělo k velkému množství nabídek, a tedy k výběru stavební firmy s nízkou nabídkovou cenou, která uváděných 11 mil. Kč vynaložených na pronájem a provoz zcela vykompenzovala.

K  nerealizovaným expozicím NTM: Projektové dokumentace za 200 tisíc korun pro 3 expozice, které nebyly dosud realizovány, budou Národním technickým muzeem v příštích obdobích zcela využity pro instalaci krátkodobých výstav a pro úpravu i doplnění stávajících expozic.