Vyšetřovací výbor, který je ruskou obdobou americké FBI, Chodorkovského v nepřítomnosti obvinil z nařízení vraždy nepohodlného starosty západosibiřského Něftějugansku z roku 1998. Starosta prý požadoval na ropném koncernu Jukos, který Chodorkovskij řídil, aby vyplatil státu nepřiznané daně.

Chodorkovskij má podle vyšetřovatelů i podíl na smrti tělesného strážce podnikatele Jevgenije Rybina. Stalo se tak údajně při jednom z pokusů zabít Rybina v letech 1998 až 1999. Při střelbě bylo tehdy také zraněno několik dalších lidí.

Chodorkovskij dlouhodobě žije ve Švýcarsku a momentálně se pravděpodobně zdržuje v Londýně. Celý případ odmítá jako politicky motivovanou frašku a vydání do Ruska se nijak neobává. Nyní 52letý magnát byl v minulosti považován za možného vážného politického konkurenta Putina. V roce 2003 byl ale zatčen a později odsouzen k mnohaletému vězení za daňové úniky a zpronevěru. Na základě prezidentské milosti se v prosinci 2013 dostal na svobodu.

V úterý ruská policie prohledala kanceláře dobročinné nadace Otevřené Rusko, kterou Chodorkovskij založil a spravuje. Nadace vznikla v roce 2001 a členy jejího vedení byli kromě Chodorkovského například i veterán americké politiky Henry Kissinger nebo podnikatel Jacob Rothschild. Na vrcholu svých aktivit měla nadace v Rusku padesát odboček, po Chodorkovského uvěznění ale následoval útlum. Svou činnost nadace obnovila loni.