Novela počítá s tím, že vedoucí státní zástupce by bylo možné odvolat pouze po rozhodnutí kárného senátu. Předloha také vymezuje funkční období vedoucích státních zástupců. V případě nejvyššího státního zástupce by to bylo deset let, u ostatních sedm let.

Ministerstvo spravedlnosti souhlasilo se záměrem stanovit funkční období vedoucích státních zástupců a umožnit jejich předčasné odvolávání pouze cestou kárného řízení, což by vyloučilo jejich sesazení podle vůle exekutivy. V poslanecké předloze ale podle ministerstva chybí pravidla pro výběr vhodných adeptů na vedoucí státní zástupce.

Úřad Benešové odmítl i změnu mechanismu jmenování náměstků vedoucích státních zástupců. „K diskusi je rovněž i to, zda kárným žalobcem vedoucích státních zástupců má být veřejný ochránce práv,“ dodalo ministerstvo, podle nějž téma vhodněji upraví chystaný vládní návrh. Podobné výhrady měly Ministerstvo vnitra a Nejvyšší státní zastupitelství.