Slovenský registr označuje Babiše za jednoho z konečných uživatelů výhod činnosti Agrofertu. Slovenské právo takto označuje fyzické osoby, které ovládají nebo kontrolují činnost právnických osob a v jejichž prospěch právnické osoby vykonávají svou činnost nebo obchod.

Babiše za konečného uživatele výhod označují dokumenty v registru vypracované právní kanceláří zastupující Agrofert. Zdůvodňují to skutečností, že je zakladatelem svěřenských fondů, do nichž Agrofert vložil, a zároveň je v postavení obmyšleného, tedy osoby, v jejíž prospěch má být plněno ze strany fondů.

Podle TI skutečnost, že Babiš patří mezi osoby ovládající Agrofert, má právní dopady na střet zájmů a na poskytování dotací holdingu. „Vzhledem k tomu, že se Evropský parlament již dříve usnesl, že by firmy vlastněné politiky neměly získávat dotace, naskýtá se otázka, zda by se neměla znovu přezkoumat způsobilost celého holdingu Agrofert v čerpání veřejných financí,“ uvedl šéf české pobočky TI David Ondráčka.

Babiš dnes před novináři odmítl, že by Agrofert ovládal. „Je to nesmysl. Já jsem odešel z Agrofertu v roce 2014 a podle Lex Babiš jsem se zbavil Agrofertu,“ připomněl, že na základě zákona o střetu zájmů převedl loni holding do dvou svěřenských fondů. Pokud by tak neučinil, firma by podle zákona přišla o přístup k některým státním dotacím. „Zachoval jsem se podle zákona. Agrofert neovládám, odešel jsem a také jsem ho odevzdal do svěřenských fondů,“ řekl Babiš.

Koncern Agrofert ve svém prohlášení uvedl, že pojem konečný uživatel výhod, kterým je Babiš označen ve vztahu ke slovenským společnostem koncernu, není možné zaměňovat s takzvanou ovládající osobou, kterou Babiš není. Konečným uživatelem výhod je Babiš podle holdingu proto, že svěřenské fondy založil a je jejich takzvaným beneficientem.

Transparency International ale oponuje, že slovenskému pojmu konečný uživatel výhod odpovídá na základě evropské směrnice proti praní peněz český pojem skutečný majitel. „Lze učinit legitimní závěr, že Andrej Babiš nepřímo ovládá koncern Agrofert. Ovládat jinou osobu je možné i bez vlastnictví. Majetek ve svěřenském fondu je ze zákona majetek bez vlastníka, nicméně to nebrání tomu, aby byl tento majetek ovládán osobami ve svěřenském fondu,“ napsala TI.

Skupina Agrofert je největší v českém zemědělství a potravinářství, dvojkou v chemickém průmyslu a významným subjektem i v lesnictví a médiích. Vlastní také mediální dům Mafra, který vydává například deníky Lidové noviny a MF Dnes. Loni skupina zaměstnávala zhruba 33 000 lidí podobně jako předloni, z toho 22 000 v Česku. Loni se konsolidovaný zisk skupiny Agrofert meziročně snížil o 38 procent na 4,8 miliardy korun.