Zubov původně zvažoval diplomatickou kariéru, ale vzdal se jí, protože nebyl ochoten vstoupit do komunistické strany. Věnoval se historickému bádání. Podílel se na knize Dějiny Ruska 20. století, která vyvolala velký ohlas a řadu polemik.

Od roku 2001 Zubov působil ve Státním institutu mezinárodních vztahů v Moskvě. V roce 2014 byl odvolán z funkce a propuštěn poté, co vyjádřil nesouhlas s moskevskou politikou na Krymu, která vyústila v připojení poloostrova k Rusku. Dnes se věnuje hlavně přednáškové činnosti, mluví o aktuálních tématech, jako je boj s terorismem, vztah kapitalismu a ekologie nebo problematika imperiální mentality v politickém myšlení a jednání.

V roce 2014 Zubov dostal od rektora Masarykovy univerzity Mikuláše Beka nabídku působení v Brně. Zubov tehdy nabídku s odmítl s tím, že chce pokračovat ve své práci v Rusku. V Brně však alespoň přednášel.