V dubnu nakonec oznámil odchod Ťok s tím, že jeho lednovou rezignaci Babiš nepřijal. Ťok, který funkci zastával i v první Babišově a předchozí vládě Bohuslava Sobotky (ČSSD), vysvětlil odchod únavou. Zmínil také útoky, které na něj podle jeho názoru vedla například firma Kapsch, tehdejší provozovatel mýtného systému.

Babiš krátce nato oznámil, že skončí i ministryně průmyslu Marta Nováková (za ANO). Jejím nástupcem se podle očekávání stal dosavadní místopředseda vládní rady pro výzkum, vývoj a inovace Karel Havlíček. Na Ťokovo místo premiér nominoval náměstka Úřadu pro zastupování státu ve věcech majetkových Vladimíra Kremlíka. Havlíček se po jmenování na konci dubna stal také vicepremiérem, stejnou roli dostala i ministryně financí Alena Schillerová (za ANO), přišel o ni naopak ministr životního prostředí Richard Brabec (za ANO).

Spolu s Ťokem a Novákovou nakonec skončil v kabinetu i Kněžínek, který svůj odchod vysvětlil tím, že jako profesionální státní úředník nikdy netoužil po politické kariéře. Jeho konec i osoba Kněžínkovy nástupkyně Marie Benešové (za ANO) spustily sérii demonstrací pořádaných spolkem Milion chvilek. Na dvou hlavních demonstracích na Letenské pláni v červnu a listopadu se pokaždé sešlo přes čtvrt milionu lidí, jednalo se o největší shromáždění od roku 1989. Demonstranti zprvu požadovali především konec Benešové, protesty se ale postupně stočily i k Zemanovi a požadavku na Babišovu demisi.

Více než čtvrt roku pak trvala sága výměny ministra kultury, kvůli které sociální demokraté zvažovali konec koalice. Staněk oznámil odchod ke konci května po kritice, které čelil po odvolání ředitele Národní galerie v Praze Jiřího Fajta a Muzea umění Olomouc Michala Soukupa. Zeman však demisi nepřijal, Staněk by podle něj neměl být trestán za to, že upozornil na závažná ekonomická pochybení.

ČSSD navrhla na ministra svého místopředsedu Michala Šmardu. Když se Zeman nakonec rozhodl ke konci července vyhovět návrhu na odvolání Staňka, Šmardu nadále odmítal s odůvodněním, že se kulturou nikdy nezabýval. Předseda ČSSD Jan Hamáček sice kritizoval hlavu státu, že se pohybuje zcela mimo ústavu, nakonec ale nevyužil zmocnění své strany z kabinetu kvůli situaci odejít. Šmarda se v půlce srpna nominace vzdal a ČSSD místo něj rychle navrhla bývalého šéfa diplomacie Zaorálka.