Jako bývalý ředitel Státního zemědělského intervenčního fondu (SZIF) se přímo podílel na přidělování dotací Agrofertu v hodnotě více než sedmi miliard korun a to v době, kdy byl Andrej Babiš ve střetu zájmů. Šebestyán nyní oficiálně zastupuje zájmy Agrofertu v lobbistické organizaci. Přesto se jeho jméno skloňuje v souvislosti s tím, že by mohl vést ministerstvo zemědělství - tedy resort, který má za úkol nelegálně získané miliardy po Agrofertu vymáhat a které dříve pan Šebestyán osobně Agrofertu vyplatil. Analytický tým Pirátů nyní zveřejňuje informace, které jejich tvrzení dokládají. Jedná se například o oficiální dopisy, které Martin Šebestyán z pozice šéfa fondu posílal Pirátům nebo o stanovisko jeho úřadu o tom, že zákon o střetu zájmů lze zcela ignorovat. Podle Pirátů musí vymáhání neoprávněně vyplacených miliard pokračovat bez politických zásahů.

„Piráti proti střetu zájmu intenzivně bojují víc než sedm let. Za tu dobu jsme shromáždili velké množství informací, které dokládají angažovanost Martina Šebestyána v přidělování nezákonných dotací Agrofertu. Takový člověk nemá v čele zemědělského resortu co dělat,” zdůraznil místopředseda poslaneckého klubu Pirátů a bývalý ministr pro místní rozvoj Ivan Bartoš.

Piráti otevřeli téma porušování zákona o střetu zájmů už v roce 2018. Tehdejšího šéfa Zemědělského fondu Martina Šebestyána v dopise vyzvali k dodržování českých a evropských předpisů ke střetu zájmů. Martin Šebestyán však ve svých odpovědích střet zájmů Andreje Babiše jednoznačně popřel a explicitně tvrdil, že jsou všechny předpisy plně dodržovány. 1 2 Soudy následně v pravomocném rozsudku potvrdily, že dotace byly přiděleny nezákonně. Stejný verdikt pak před měsícem (září 2025) ve svém rozsudku potvrdil i Nejvyšší správní soud.3