Hilsner byl odsouzen k trestu smrti. Ale uznání viny z vraždy se netýkalo motivů. Rakouské soudnictví neuznalo rituální vraždu. Trest změnil na doživotí František Josef I. Jeho nástupce Karel 1918 jej zrušil zcela. Výrok o vině zrušen nebyl.
Proti pověře o rituální vraždě vystoupil Tomáš G. Masaryk. Avšak jako prezident neinicioval nový proces. Snad nechtěl rozdělovat novou republiku. Například odpůrce Masaryka ve věci polenské vraždy byl předseda československého Ústavního soudu Karel Baxa, jenž zastupoval matku zavražděné a na rozdíl od státního zástupce poukazoval na vykrvení jako motiv vraždy. Hilsnerův obhájce Zdenko Auředníček se po procesu odstěhoval do Vídně, kde zůstal i po vzniku republiky a odmítl Masarykem nabízené místo na Nejvyšším soudu v Brně. O obnovu procesu nepožádal do své smrti 1928 ani Hilsner. To jej odlišuje od židovského kapitána Alfreda Dreyfuse, jenž byl v rámci antisemitismu ve Francii odsouzen za vlastizradu v roce 1895, ale domáhal se revize procesu, až byl roku 1906 rehabilitován a vrátil se do armády.
Obnova procesu znamená zrušení původního rozsudku s tím, že se znovu rozhodne o vině. Ovšem po 120 letech se nezachovaly důkazy. Povolení obnovy povede k zproštění obžaloby podle zásady v pochybnostech ve prospěch obviněného. Jak to tehdy skutečně bylo, již soud nezjistí.
Dějiny jsou plné pochybných soudních výroků. Též nebyl obnoven proces s omladinou z roku 1894 či zrušeno odsouzení politiků Karla Kramáře a Aloise Rašína k trestu smrti roku 1916. Jen jim jako Hilsnerovi poskytl milost císař. Soudy jsou státní orgány, ne nositelé absolutní Boží spravedlnosti a nejsou soudem dějin. Řešit dnešním trestním právem dávné události, smysl nemá.
