Přesto je obhajoba českých národních zájmů v rámci Unie velice potřebná a důležitá. Tím spíše, že tak s ohledem na své zájmy činí všechny členské země EU a my tomu nemůžeme jen tak pasivně přihlížet.

Ochranou českých národních zájmů v EU se zabývá jednak exekutiva, kdy pohledy a postoje jednotlivých rezortních ministerstev se protínají ve vládním výboru pro EU, kde se stávají oficiálními postoji vlády ČR a jsou takto obhajovány před tuzemskými parlamentními komorami a evropskými institucemi.

Dále leží ochrana českých národních zájmů na bedrech obou parlamentních evropských výborů – poslaneckého Výboru pro evropské záležitosti a senátního Výboru pro záležitosti EU. Zatímco poslanecký evropský výbor se tímto zabývá pouze dosti okrajově, senátní evropský výbor patří mezi nejaktivnější v rámci EU. Znamená to ale prokousat se každoročně několika desítkami tisíc různých evropských dokumentů, vytřídit z nich ty skutečně podstatné a zásadní, a těmi se pak zabývat podrobně. Výstupem jsou pak konkrétní usnesení adresovaná vládě ČR a Evropské komisi, čímž je v dané věci zahájen politický dialog, který by měl vést k vyjasnění jednotlivých postojů a k optimalizaci příslušného evropského dokumentu. Problém ale je, že doposud nikdo přesně nevymezil, co že to vlastně ty české národní zájmy jsou.

Miroslav Krejča