V roce 1583 přenesl císařský dvůr do Prahy, protože nebyla tak ohrožena Turky jako Vídeň a také se mu zkrátka líbila.Učinil tím naše hlavní město znovu veliké a důležité. Bylo to naposled, kdy Praha byla sídlem českých králů. Tím, že Rudolf II. byl i římským císařem, stala se Praha domovem nejen pro alchymisty, hvězdáře a umělce, ale zejména domovem diplomatů a významných šlechticů, kteří potřebovali být blízko císařského dvora. S tím ruku v ruce šel rozvoj řemesel, služeb a stavebního boomu. Díky Rudolfovi II. tak máme v Praze množství nádherných renesančních památek. Praha se tehdy zařadila po bok měst jako je Řím a Paříž.
Slovy Rudolfa II.: „Nemusíme nikam jezdit, protože nejkrásnější vidíme z oken a všechno ostatní máme ve sbírkách.“
Praha se stala centrem náboženské tolerance a Rudolf II. podepsal roku 1609 Majestát, který zaručoval svobodu vyznání pro země koruny české. Podle Majestátu nikdo nesměl být nucen ke katolickému ani jinému vyznání. Platil pro královská města, šlechtu i poddané. Listina byla zanesena do zemských desek jako platný zákon. Přiznejme, že to bylo i proto, aby si zajistil podporu české šlechty.
Celý život byl pod tlakem svého bratra Matyáše, dědice trůnu, protože Rudolf neměl legitimní potomky. Navíc Matyáš potlačoval projevy jiného náboženského vyznání v Rakousích a Uhrách. Matyášovi hrála do karet i duševní choroba Rudolfa umocněná pravděpodobně syfilidou. Matyáš získal podporu rakouských, uherských a moravských stavů proti Rudolfovi. Konflikt mezi nimi na chvíli vyřešil tzv. Libeňský mír z roku 1608. Rudolf II. se musel vzdát vlády nad Rakousy, Uhrami a Moravou. Zůstaly mu pouze Čechy, Slezsko a obě Lužice.
Před svojí smrtí požádal o pomoc pasovského biskupa o vojenskou pomoc, jehož vojáci Prahu v roce 1611 nakonec vyplenili, protože nedostali žold. To je jedna skvrna na pražském vládnutí Rudolfa II. Po tomto incidentu abdikuje a v lednu 1612 umírá na Pražském hradě, kdy mu zbývá jen formální titul císaře Svaté říše římské.
Jednou z mnoha památek, které nám po této době zůstaly, je palác Smiřických, který je součástí komplexu budov Poslanecké sněmovny. A v této budově mám tu čest mít poslaneckou kancelář.
