Hlavním sporným bodem je škála výrobků, na něž se má podpora vztahovat. Komise navrhla omezit program na čerstvé ovoce a zeleninu a na neslazené a neochucené mléko. Argumentovala přitom klesající spotřebou čerstvého ovoce a zeleniny a obyčejného mléka. Tím by z programu vypadly zpracované ovoce a zelenina, ovocná pyré, džusy a mošty a slazená a ochucená mléka a mléčné výrobky. V EP se stal návrh Komise předmětem bouřlivého jednání na zemědělském výboru, kde nakonec prošel pozměňovací návrh socialistů, který do programu vrací slazené mléko a mléčné výrobky, na vyloučení ochuceného mléka a mléčných výrobků však nic nemění.

"Bohužel ani na plénu neprošel návrh můj a mých kolegů Evropské lidové strany, aby se podpora nadále vztahovala i na ochucené mléčné výrobky. Čísla dokládají, že právě o ně je mezi dětmi největší zájem, přitom splňují i požadavky na nízký obsah cukru a tuku. Pokud budou mít děti k dispozici jen neochucené mléčné produkty, jak to nyní schválil Evropský parlament, povede to k tomu, že se budou vyhýbat mléku jako takovému. Uvolněné místo v jídelníčku pak bleskově vyplní čokoládové tyčinky, kolové nápoje a jiné nezdravé a přeslazené potraviny,“ je přesvědčen europoslanec Stanislav Polčák (STAN). „Proklamovaný cíl Evropské komise v podobě zlepšení stravovacích návyků dětí a snížení jejich obezity se rozplyne jak pára nad hrncem," obává se v souvislosti s novou podobou programu Mléko do škol a Ovoce a zelenina do škol europoslanec, zasedající v zemědělském výboru EP.

Evropská komise navrhla pro ovoce a zeleninu roční objem finanční podpory 150 mil. eur a pro mléko 80 mil. eur. EP chce částku 80 mil. eur navýšit na 100 mil. eur. Otázkou zůstává, co na tento posun řeknou členské státy EU. Podle informací europoslance Polčáka je Česká republika proti plánované změně. Z dosavadního spektra podporovaných a konzumovaných mléčných produktů v rámci programu Mléko do škol v ČR by totiž vypadlo takřka 80% z nich (viz následující tabulka).

Produkt                                                        9-12/2013                            1-3/2014

Polotučné mléko neochucené (ks)             524.483                                  382.562

Polotučné mléko ochucené (ks)             3.407.133                               2.283.611

Kysané mléko ostatní (ks)                            193.237                                  151.247

Jogurty neochucené, ovocné (ks)                 210.462                                  174.077

Jogurty ochucené ostatní (ks)                    265.545                                  215.064

Čerstvé a tavené sýry (ks)                               69.853                                    53.602

Sýry ostatní (ks)                                                2.283                                      2.341

Čerstvé sýry ostatní + tvaroh (ks)                 185.509                                  147.714

Smetanový krém (ks)                                1.160.873                                  976.503