Krajský úřad Kraje Vysočina, který o povolení rozhoduje kvůli podjatosti Krajského úřadu Pardubického kraje, povolil výjimky až na osm let pro vypouštění oxidu dusíku a až na šest let v případě rtuti. V těchto lhůtách bude neekologický provoz postupně ukončován po dvojicích elektrárenských bloků. Pro první dva bloky elektrárny tak obě výjimky skončí za čtyři roky.

Královéhradecký kraj však usiloval o to, aby elektrárna předložila hodnocení zdravotních rizik požadované výjimky a přešla na nejlepší dostupné techniky v co nejkratší době nebo přešla na spalování zemního plynu, a podal proto proti rozhodnutí KÚ Kraje Vysočina odvolání k MŽP ČR. To však rozhodnutí z Vysočiny pouze změnilo s tím, že schválenou dobu výjimek považuje za opodstatněnou, a doplnilo harmonogram konkrétních opatření pro dobu trvání výjimky, který bude elektrárna povinna splnit.