Většina území navržené CHKO je součástí Biosférické rezervace Dolní Morava, a to od roku 2003, kdy Výbor Mezinárodní koordinační rady UNESCO schválil rozšíření stávající Biosférické rezervace Pálava o Lednicko-valtický areál a lužní lesy na soutoku Moravy a Dyje. Nově vymezené území o celkové rozloze přesahující 300 km2 dostalo název Biosférická rezervace Dolní Morava.

„Tento mezinárodní statut ochrany však nemá žádnou oporu v národní legislativě a praktickou ochranu území tak nezajišťuje,“ řekl náměstek hejtmana pro životní prostředí Lukáš Dubec.

Větší část zájmového území je rovněž součástí mokřadu mezinárodního významu podle tzv. Ramsarské úmluvy (Úmluva o mokřadech majících mezinárodní význam především jako biotopy vodního ptactva). Pro Českou republiku z toho plyne závazek zajistit dostatečnou ochranu tohoto území. Část území Ptačí oblast Soutok-Tvrdonicko pak patří do soustavy Natura 2000 (chráněný čáp bílý, ledňáček říční, žluna šedá a další).

„Vyhlášení CHKO Soutok vzhledem k těmto zásadním skutečnostem, které definují význam a potřebnost vyššího stupně ochrany krajiny, je krok správným směrem. Předmětem ochrany bude například říční niva řek Moravy a Dyje, tůně, mokřady, lužní lesy a dřeviny rostoucí mimo les i přírodní části Lednicko-valtického areálu,“ doplnil Dubec.

Na vymezení 4 zón ochrany přírody v CHKO Soutok se podílela Agentura ochrany přírody a krajiny ČR, která by měla na daném území vykonávat speciální státní správu v ochraně přírody a zajištění odborné péče ve spolupráci s obcemi.