Některé změny v systemizaci státní správy, například organizační a platové záležitosti, nebude od roku 2021 schvalovat vláda jako celek, ale budou o nich rozhodovat ministerstva vnitra a financí.  V souvislosti se zákonem o státní službě, který Sněmovna přijala v lednu tohoto roku a který zjednodušil odvolávání vedoucích pracovníků a zároveň snížil nároky na odborná kritéria u uchazečů, by přijetí novely znamenalo další výrazné zpolitizování státní správy. Obavy o stabilitu a nezávislost státní správy přitom vyjádřila i Evropská komise v každoroční analýze hospodářské a sociální situace České republiky.

Zdánlivě se jedná pouze o drobnou technickou změnu v rámci novely zákona o rozpočtových pravidlech, nicméně povede k tomu, že část organizačních změn provedených na státních úřadech zůstane mimo dohled veřejnosti i opozice. Nově tak bude možné zrušit místa nepohodlných úředníků, přesunout celé útvary pod jiného nadřízeného nebo neprůhledně upravovat platové podmínky, aniž by tyto informace byly předem zveřejněny. Tento krok vnímáme po zmíněné novele služebního zákona jako další oslabení nezávislost státní služby a posílení vlivu politické moci, na což upozorňujeme již déle než rok.