Základem demokracie svobodné vysoké školy se v roce 1990 stala samosprávná fakulta. Fakulta měla podle zákona z roku 1990 postavení právnické osoby, odlišné od právnické osoby vysoké školy, a plnou samosprávu. Akademický senát fakulty volil děkana a také jen on jej mohl odvolat. Toto dominantní postavení fakulty bylo odrazem toho, že vzdělání probíhalo na fakultách. Běžný student vůbec nemusel přijít do styku s rektorátem. Podpis rektora byl jen vedle podpisu děkana na jeho diplomu.
Postupem času však tento výdobytek listopadu 1989 byl oslabován a nahrazován centralizací moci na vysokých školách v rukou rektorátní byrokracie. Hmatatelnými příznaky byl nový zákon o vysokých školách z roku 1998, který zrušil právní subjektivitu fakult a podrobil je panství rektorátu. Nově již akademické senáty fakult nevolily děkany, ale jen navrhovaly kandidáta na děkana, přičemž jej jmenoval rektor. Ten jej také může odvolat i proti vůli fakultního akademického senátu. Tento proces byl ve finanční oblasti podepřen tím, že z rozpočtového financování vysokých škol na vzdělávací proces, uskutečňovaný na fakultách, se přešlo na různé granty, jejichž správa je natolik byrokratická, že rektoráty pro to zpravidla zřídily zvláštní oddělení plná úředníků. Rektorát se stal dominantním pánem, protože si sedl na měšec peněz určený pro vysokou školu.
Příkladem tohoto panství je, že rektor Vysoké školy ekonomické v Praze Petr Dvořák odmítá přijmout dar pro Národohospodářskou fakultu proto, že dárce chce ocenit vysoce angažovaný postoj jejího děkana Miroslava Ševčíka za boj za svobodu slova a demokracii. Rektor se možná snaží vládě zalíbit, což mu může pomoci při získávání vládních dotací. Pokud fakulta nemůže přijmout dar ve výši 100 000 Kč, který není nijak účelově vázán, ale potřebuje k tomu milostivé svolení rektorátního panstva, je to samo o sobě důkazem radikální změny od roku 1990, kdy byl přijat velkoryse svobodomyslný zákon o vysokých školách. V roce 1990 by takový postoj žádný rektor nezaujal. Tehdy rektoři nejednali jako prodloužená ruka vládní moci, byli hrdí na akademickou svobodu a autonomii.
Oslabení pozice fakult jde proti hlavnímu účelu vysokých škol, což je vzdělávání studentů. Učí se na fakultách, zpravidla ne na rektorátech. Tam se úřaduje a rozdělují peníze.
Centralizace moci na rektorátech – popření samosprávy
Samospráva na vysokých školách je součástí veřejné samosprávy ve státě. Lze ji připodobnit k samosprávě ve statutárních městech, dělených na městské části. I v samosprávě se může projevit nežádoucí centralismus a oligarchizace moci. I zde platí princip subsidiarity veřejné správy. Tedy, že moc má být vykonává, co nejblíže lidem, na které dopadá, pakliže je to z organizačního a ekonomického hlediska možné. Jako je nevhodné, aby radnice Prahy či Brna řešila místní věci, ale má je ponechat radnicím městských částí, tak je nevhodné, aby rektorát řešil věci, které nejsou zásadní pro celou vysokou školu. Z tohoto pohledu je rozhodování o přijetí daru ve výši 100 000 Kč pro jednotlivé fakulty z hlediska vysoké školy jako celku nevýznamné. Pokud takovou působnost rektorát má, popírá princip samosprávy na vysoké škole a projevuje se touha vedení rektorátu po všemocném panství nad školou jako celkem.
Tuto touhu po centralizaci a oligarchizaci moci na vysoké škole dokresluje i snaha rektora Petra Dvořáka, který chce v zásadě z politických důvodů odvolat děkana Miroslava Ševčíka, jenž projevil občanskou statečnost, když se zastal člověka zbitého policií. Představme si, že by něco podobného chtěl provést provládní primátor města a zbavit funkce starostu nějaké městské části, protože se angažuje proti vládě, tedy činí něco, co je v demokratickém státě normální a v souladu s právem. Na pražském magistrátě i v jiných městských částech Prahy asi všichni nemají rádi řeporyjského starostu, ale je věci řeporyjských občanů, koho si zvolí. Ostatní tuto volbu musí v demokracii respektovat. Stejně tak je věcí akademické obce Národohospodářské fakulty, koho podporuje ve funkci děkana. Lidé z rektorátu i jiných fakult to mohou komentovat, ale pokud ctí samosprávu, nemohou do toho mocensky zasahovat.
To, že různé úrovně samosprávy ve městech i na vysokých školách nejsou z jednoho těsta, je projev názorové plurality a dělby moci. Tedy něčeho, co by vysoká škola měla chránit. Pokud akademický funkcionář dá přednost před obranou principu akademické samosprávy, včetně autonomie fakult, přednost vládnímu patolízalství, vypovídá to o jeho osobním charakteru, ale i zcela jiné atmosféře na vysokých školách ve srovnání s 90. roky 20. století.
