Soudy jako orgány měly být jednotné, ale vnitřně členěné na civilní, trestní a správní soudnictví. Teprve v parlamentu byl do výčtu soudů uveden Nejvyšší správní soud. Změna nebyla provázaná s kompetencemi prezidenta. Proto jmenování předsedy a místopředsedy Nejvyššího soudu prezidentem republiky přímo z Ústavy je bez kontrasignace premiéra, zatímco totéž na Nejvyšším správním soudě je dáno jen obyčejným zákonem a podrobeno kontrasignaci.
Správní soudnictví je na druhém stupni (Nejvyšší správní soud) organizačně samostatné, zatímco na prvním stupni je součástí obecných krajských soudů. Tento asymetrický model byl v roce 2002 uzákoněn, protože vypuštění Nejvyššího správního soudu a vtělení správního soudnictví formou správního kolegia do Nejvyššího soudu na jedné straně, jakož i doplnění soudní soustavy o krajské správní soudy na druhé straně by znamenalo ústavní změnu. A tak byl zaveden model, který nynější předseda Nejvyššího správního soudu Michal Mazanec nazval kočkopsem.
Nicméně systém funguje a při vzniku soudního řádu správního bylo dosaženo zákonného funkčního oddělení správního soudnictví od jiných činností v rámci krajského soudu. Podle soudního řádu správního ve správním soudnictví rozhodují na krajském soudě specializované senáty. Z toho plyne, že skupina správních soudců má být odlišena od skupiny ostatních soudců na krajském soudě z hlediska předmětu jejich soudního rozhodování. Prostě v rámci specializace soudců na krajském soudě nemají být soudci pro všechno.
Jak lze tuto pojistku autonomie správního soudnictví v rámci krajského soudu popřít, dokazuje příklad soudce Zdeňka Strnada z Krajského soudu v Českých Budějovicích. Zdeněk Strnad je insolvenční soudce a je místopředsedou krajského soudu. Znám je z mediálně sledovaného úpadku HEAVY MACHINERY SERVICES, kdy zamítl reorganizaci a prohlásil konkurz. Obecně přitom je zpravidla účelnější pro věřitele i zaměstnance reorganizace. Zároveň je soudce správního soudnictví ve věcech volebních, kde je člen všech volebních senátů. To, že insolvenční soudce má ze správního soudnictví agendu volební a vyskytuje se ve všech volebních senátech řešící tyto politické kauzy v kraji, je věc neobvyklá.
Na soudě působí pomocníci soudce - asistenti. Oceněním jejich významu je uznání asistentské praxe pro složení justiční zkoušky a tedy možnost ucházet se o post soudce. Zákon to výslovně nestanoví, ale předpokládá se, že asistent na krajském soudě je práce na plný úvazek. Na úseku Z. Strnada však pracovali asistenti na částečné, někdy malé úvazky. Kandidáty na soudce se tak mohou stát asistenti, kteří vykonávali praxi tři roky, ale pokud je jejich úvazek poloviční či ještě nižší, nestrávili na soudě potřebnou dobu, přepočteme-li jejich pracovní poměr na plný úvazek.
Asistent na malý úvazek, má zpravidla i jiný zdroj příjmů a pozice asistenta tak může primárně souviset s možností získat pozici soudce. Částečné úvazky jsou pochopitelné např. u matky pečující o dítě. Ale vše musí mít svou míru. Praxe asistenta na malý úvazek nemá být plnohodnotně uznávána pro připuštění k justiční zkoušce. Běžný soudce chce mít asistenta po ruce celou pracovní dobu. Pokud působí asistent soudce na malý úvazek, je k podivu přístup soudce, který takový rozsah akceptuje.
