V první etapě opravy v roce 2018 došlo především k výměně všech špaletových oken historické budovy. Právě dokončená druhá etapa opravy byla náročnější. Zahrnovala zateplení fasády novodobé přístavby budovy (z roku 1991) včetně výměny všech oken a vstupních dveří, dále rekonstrukci krovu historické budovy narušeného dřevokaznými škůdci, výměnu měděné střešní krytiny a klempířských prvků, celkovou rekonstrukci všech sociálních zařízení, částečnou modernizaci elektrických rozvodů, osvětlení a ochrany proti blesku a rekonstrukci venkovního prostranství (dlažba ze žulových odseků), dřevěného oplocení a bran. Došlo ke zlepšení energetických vlastností budovy.

Práce probíhaly v úzkém kontaktu se zástupci státní památkové péče (NPÚ, krajský úřad). Dodavatelem obou etap stavby byla společnost VIDOX, s. r. o., z Českého Krumlova, středisko Třeboň. Náklady stavby (včetně DPH) činily 956 684 korun v roce 2018 a 3 880 216 korun v roce 2021.

Budova Správy CHKO Třeboňsko, jejíž historickou část tvoří kamenná bašta zámeckého opevnění (původem z r. 1525, přestavěna 1880 a 1991), která je díky svému umístění jednou z nejfotografovanějších staveb Třeboně, je tak ve zlepšeném technickém stavu připravena sloužit další desetiletí a být důstojnou součástí areálu státního zámku.