Pravidelný provoz Vindobony byl zahájen s novým jízdním řádem na začátku léta 1957. Ve své době patřila Vindobona mezi nejluxusnější a nejrychlejší vlaky východní Evropy. Od ostatních klasických spojů tehdy ještě s parními lokomotivami se lišila také tím, že byla provozována elegantní motorovou jednotkou aerodynamického tvaru. Díky tomu byla Vindobona přirovnávána k západoevropským luxusním vlakům Trans Europ Express. Ještě v době svého provozu se stala legendou. Dnes Prahu a Vídeň spojují každé dvě hodiny nové, moderní rychlovlaky railjet.    

První jízda byla určená pro novináře a měla představit nové, rychlé a komfortní spojení široké veřejnosti. Proto vznikl i krátký propagační film. Vindobonu se mohl mezi Prahou a Berlínem svézt prakticky každý, ale do Vídně s ní mohl cestovat jen málo kdo. I díky tomu měla nádech tajemných nedostupných cílů. Díky provozu elegantních aerodynamických motorových jednotek až do roku 1979 se také odlišovala od všech ostatních vlaků a při své jízdě tak vzbuzovala pozornost kolemjdoucích, cestujících i zaměstnanců železnice. Až do roku 1989 patřila mezi několik málo spojů, které překonávaly „železnou oponu“ do západní Evropy.

Mezi nejrychlejšími vlaky své doby

Vindobona patřila na počátku svého provozu k nejrychlejším vlakům východní Evropy, i když z dnešního pohledu se jedná o směšně dlouhé cestovní časy a nízké rychlosti. Oproti běžným vlakům však byla o desítky minut rychlejší. V prvním roce provozu urazila cestu z Berlína do Vídně za 12 a čtvrt hodiny, což bylo o 6 hodin rychleji, než dosavadní nejrychlejší spojení. Trasu mezi Prahou a Berlínem překonala za méně než 6 hodin, skoro o hodinu rychleji než dosavadní nejrychlejší vlak a dobře o hodinu a půl až dvě hodiny rychleji než běžný mezistátní rychlík. Také cesta mezi Prahou a Vídní se podstatně zkrátila, když o rok dřív trvalo přímé spojení přes Břeclav 9 hodin, zatímco nový motorový expres jel přes Tábor a Třeboň a do Vídně dojel za přibližně 5 a půl hodiny.

Tyto cestovní časy se po dlouhá desetiletí zásadně neměnily a posouvaly se jen o několik minut, maximálně několik málo desítek minut. Cestovní časy dosahované od konce 50. do konce 80. let odpovídaly mezi Prahou a Berlínem průměrné rychlosti 64 až 70 km/h a mezi Prahou a Vídní průměrné rychlosti přibližně 60 až 64 km/h.

Ostatní mezistátní rychlíky a expresy jezdily ještě pomaleji. Doba jejich jízdy mezi Prahou a Berlínem byla ve srovnání s Vindobonou celá desetiletí delší obvykle o hodinu, mnohdy i o více než hodinu. Průměrná rychlost těchto vlaků se tak pohybovala jen kolem 55 km/h. Za západní hranici pak jezdilo tak málo spojů, že Vindobonu není možné ani s jinými spoji porovnat.

Dnes je cesta z Prahy do Vídně i Berlína podstatně rychlejší. Soupravy railjet jedou z Prahy do Vídně po modernizovaném koridoru přes Brno, který je sice přibližně o 50 kilometrů delší než původní pomalejší trať přes jižní Čechy, ale výrazně rychlejší. Díky tomu urazí cestu pod 4 hodiny s cestovní rychlostí přes 100 km/h. Navíc se nejedná o jediný rychlý vlak, ale takto rychle jezdí spoje každé dvě hodiny. Podobně se zrychlila jízdy z Prahy do Berlína. Cesta trvá necelé 4 a půl hodiny a cestovní rychlost se zvýšila na přibližně 85 km/h. Další významné zrychlení přinese dokončení modernizace německé tratě na 200 km/h.

Vlaky a komfort

Od počátku byly na expres Vindobona nasazovány motorové jednotky, které nabízely vysoký komfort cestování. Jednotlivé železnice se měly v provozu vlaku střídat ve dvouleté periodě. Z počátku tak na expresu jezdily ještě předválečné motorové jednotky z německého projektu „létajících expresů“. Později na spoji jezdily motorové jednotky ČSD vyrobené v maďarském podniku GANZ a na přelomu 60. a 70. let motorové a přípojné vozy z Vagónky ve Studénce. V letech 1962 až 1964 jezdily mezi Vídní, Prahou a Berlínem rakouské motorové jednotky Blauer Blitz.

S pojmem Vindobona je ale nejvíce spojena elegantní červeno-krémová jednotka německých železnic DR řady 175, u nás známá pod přezdívkou Delfín. Jednalo se o „parádní vlak“ německých železničářů, který jezdil vedle Vindobony také do dánské Kodaně nebo švédského Malmö. Dokázal vyvinout rychlost až 160 km/h, i když na své trase neměl žádné úseky, kde by se dalo jet rychleji než 120 km/h. Podle počtu vozů nabízel místo pro 157 až 300 cestujících. V motorových vozech byly velkoprostorové oddíly 2. třídy se sedačkami jako v letadle. První třída nabízela klasické kupé pro 6 osob a cestující měli k dispozici také restaurační vůz s 23 místy. Kupodivu ani tento moderní vlak nebyl vybaven klimatizací. Na Vindoboně byly tyto jednotky v provozu v letech 1966 až 1969 a znovu pak od roku 1972 až do konce jara 1979.          

Od roku 1979 byly na Vindobonu nasazeny klasické rychlíkové vagóny, střídavě německých, českých a rakouských železnic. V čele vlaku se střídaly různé elektrické a motorové lokomotivy a přes česko-rakouskou hranici ji v roce 1980 dopravovala dokonce ještě parní lokomotiva. Byl to jeden z posledních pravidelných výkonů parních lokomotiv u nás. 

Po roce 1989 byla souprava Vindobony postupně modernizována a od roku 1993 byl spoj zařazen do kvalitní evropské sítě vlaků EuroCity. Na provozu spoje se pak až do konce roku 2014 střídaly moderní české, rakouské a německé klimatizované vagóny. V současnosti jezdí mezi Prahou a Vídní moderní rychlovlaky railjet, jedny z nejmodernějších expresních jednotek v Evropě. Z Prahy do Berlína jsou v provozu modernizované klimatizované vozy Českých drah z 90. let minulého století.  

Latinský název pro Vídeň

Legendární spojení Berlína, Prahy a Vídně bylo od počátku pojmenované podle latinského názvu pro Vídeň – Vindobona. Tento název vlak používal od roku 1957 až do konce roku 2014, kdy bylo přímé spojení ukončeno a nahrazeno systémem vlaků railjet, které jezdí mezi Prahou a Vídní každé dvě hodiny. Některé spoje pak pokračují až do štýrského Grazu. Všechny spoje railjet nesou společně jména významných českých a rakouských hudebních skladatelů, jako jsou Antonín Dvořák, Bedřich Smetana, W. A. Mozart, Johann Strauss a další. Z Prahy do Berlína, případně až do Hamburku jezdí vlaky EuroCity.

Ovšem i samotný vlak Vindobona zažil mnoho změn, především po roce 1989. Nejprve se změnila jeho trasa mezi Prahou a Vídní, kdy byl převeden na rychlejší a plně elektrifikovanou trať přes Havlíčkův Brod, Brno a Břeclav, později pak přímo na 1. železniční koridor přes Pardubice a Českou Třebovou. Měnila se také trasa Vindobony v Německu nebo v Rakousku. Tam byla prodloužena z Berlína až do severoněmeckého Hamburku, resp. z Vídně do korutanského Villachu. Délkou přes 1 500 kilometrů se jednalo o jednu z nejdelších tras transevropských expresů v EuroCity.