Část I. Podpora ze státního rozpočtu

Základním zákonem upravujícím financování nestátních neziskových organizací je zákon č. 218/2000 Sb. , o rozpočtových pravidlech, ve znění pozdějších předpisů. V souladu s § 7 tohoto zákona mohou být ze státního rozpočtu poskytnuty dotace nestátním neziskovým organizacím, jako jsou občanská sdružení, obecně prospěšné společnosti, účelová zařízení církví a náboženské společnosti, nadace a nadační fondy či další právnické osoby, jejichž hlavním předmětem činnosti je poskytování zejména zdravotních, kulturních, vzdělávacích a sociálních služeb a dotace k poskytování sociálně právní ochrany dětí atd.

Postup při poskytování dotací a návratných finančních výpomocí ze státního rozpočtu a řízení o jejich odnětí je dále zakotveno v §§ 14 a 15 tohoto zákona. Dle bodu 2) § 14 může dotaci či návratnou finanční výpomoc ze státního rozpočtu poskytnout ústřední orgán státní správy, úřad práce, Akademie věd, Grantová agentura nebo organizační složka státu, kterou určí zvláštní zákon. Důležité je si uvědomit, že na dotaci ze státního rozpočtu není právní nárok a o poskytnutí dotace konkrétní neziskové organizaci na konkrétní projekt rozhoduje poskytovatel dotace na základě žádosti příjemce. Rozhodující pro zařazení do dotačních programů toho kterého ministerstva jsou jeho kompetence vymezené „kompetenčním“ zákonem, a tedy účelem, na který je státní podpora žádána.Vyhoví-li poskytovatel žádosti o poskytnutí dotace, vydá písemné rozhodnutí, v rámci kterého podrobně popíše podmínky pro použití dotace, povinnosti příjemce dotace i podmínky pro zúčtování se státním rozpočtem po skončení roku.

V návaznosti na již zmíněný zákon podrobně upravují poskytování dotací ústředními orgány státní správy ze státního rozpočtu nestátním neziskovým organizacím „Zásady vlády pro poskytování dotací ze státního rozpočtu České republiky nestátním neziskovým organizacím ústředními orgány státní správy“. Nejnovější znění těchto Zásad bylo schváleno usnesením vlády č. 657 ze dne 6. srpna 2014. Zásady však upravují poskytování dotací v obecné rovině a je dále na ústředních orgánech státní správy (poskytovatelích dotací), zda poskytování dotací na projekty nestátních neziskových organizací v rámci konkrétního dotačního titulu upraví vnitřním metodickým pokynem či směrnicí. V každém případě tyto zásady a metodické pomůcky, ať již je schválí vláda, nebo jsou návazně vydány příkazem příslušného ministra, musí být v souladu s rozpočtovými pravidly, vycházet z nich a podporovat aplikaci zákona v praxi.

Financování NNO nemůže být redukováno jen na podporu státu ze státního rozpočtu, ať již přímou – dotační, nebo nepřímou – daňovým zvýhodněním. Pokud jde o finanční participaci na zajištění jejich působení, popř. dalšího rozvoje, je třeba pozornost více obracet na spolupráci s kraji, obcemi a soukromou sférou v místech, kde NNO vyvíjejí svou činnost.

Část II. Daňové zvýhodnění

Zdaňování nestátních neziskových organizací je v České republice upraveno zákonem č. 586/1992 Sb., o dani z příjmů, ve znění pozdějších předpisů. Podle tohoto zákona jsou nestátní neziskové organizace považovány za tzv. veřejně prospěšného poplatníka, který v souladu se svým zakladatelským, právním jednáním, statutem, stanovami, zákonem nebo rozhodnutím orgánu veřejné moci jako svou hlavní činnosti vykonává činnost, která není podnikáním. Jelikož tyto subjekty plní řadu funkcí, kde by jinak mohl být považován za vhodný zásah ze strany veřejného sektoru, a tím svým způsobem veřejnému sektoru „ulehčují“ jeho roli, respektují toto jejich specifické společenské postavení i daňové zákony, přičemž těmto subjektům přiznávají řadu osvobození a daňových výhod.

Zákon o dani z příjmů rozlišuje dvě skupiny veřejně prospěšných poplatníků, a to poplatníky s tzv. úzkým a širokým základem daně. U skupiny poplatníků s úzkým základem daně (např.politické strany a hnutí, nadační fondy, spolky, příspěvkové organizace) nepodléhá tzv. hlavní činnost (nepodnikatelská) dani z příjmů v případě, že negeneruje zisk (příjmy jsou menší než výdaje). Činností v rámci hlavní činnosti však může být více, to však zakládá povinnost evidovat každou z těchto činností zvlášť a posuzovat tak podmínky pro vynětí pro každou jednotlivou činnost. Toto dělení činností odpadá poplatníkům zařazeným ve skupině s širokým základem daně (např. obecně prospěšné společnosti, ústavy, veřejně výzkumné instituce). Ti mají předmětem daně příjmy ze všech svých činností. Proti těmto příjmům ale mohou uplatňovat související výdaje na rozdíl od první skupiny poplatníků. Obě skupiny poplatníků však mají řadu příjmů od daně z příjmů osvobozených (např. členské příspěvky, přijaté dary atd.) či příjmů, které nejsou předmětem daně (např. dotace, příspěvky z veřejných rozpočtů atd.).

Na své si přijdou i dárci, kteří těmto veřejně prospěšným poplatníkům darují prostředky na jejich veřejně prospěšnou činnost. Dárci mají možnost si o hodnotu poskytnutého daru snížit základ daně v podobě odčitatelné položky od základu daně. Tento odpočet se týká fyzických i právnických osob.

Další daňovou výhodou je nepřímá daňová podpora k zajištění a zachování zdrojů na financování veřejně prospěšných aktivit konkrétně spočívající v možnosti snížit si vzniklý základ daně o částku ve výši 30 % základu daně (min. 300 tis. Kč a max. 1 mil. Kč). Tento odpočet jim tak umožňuje více využívat příjmy z případné vedlejší podnikatelské činnosti na financování ztrátových neziskových aktivit. Odpočet mohou uplatňovat vybraní veřejně prospěšný poplatníci. Pro ty, kteří na tento odpočet nedosáhnou, je možnost uplatnění odpočtu v podobě daňové ztráty (vznikla-li v rámci podnikatelské činnosti) v pěti po sobě následujících zdaňovacích období.

Jiná daňová zvýhodnění neziskových organizací upravuje řada dalších zákonů, jako zákon č. 340/2013 Sb. o dani z nabytí nemovitých věcí, zákon č. 338/1992 Sb., o dani z nemovitých věcí, ve znění pozdějších předpisů, zákon č. 565/1990 Sb., o místních poplatcích, ve znění pozdějších předpisů, zákon č. 634/2004 Sb., o správních poplatcích, ve znění pozdějších předpisů a zákon č. 549/1991 Sb., o soudních poplatcích, ve znění pozdějších předpisů.