Ministerstvo spravedlnosti se v současné době intenzivně zabývá připomínkami uplatněnými k oběma návrhům v rámci meziresortního vypořádacího řízení.

Dne 3. září se uskutečnilo 20. jednání Pracovní komise předsedy Rady vlády pro koordinaci boje s korupcí k whistleblowingu. Zástupci Ministerstva spravedlnosti a veřejného sektoru, nestátních neziskových organizací i akademické sféry se sešli, aby projednali budoucí podobu návrhu zákona o ochraně oznamovatelů a souvisejícího změnového zákona, ke kterým členové pracovní komise uplatnili připomínky. Ministerstvo spravedlnosti se tyto připomínky rozhodlo projednat nad rámec oficiálního meziresortního připomínkového řízení tak, aby výsledná podoba navrhované právní úpravy byla komplexní a dostatečně reflektovala dosavadní zkušenosti s ochranou whistleblowerů (oznamovatelů).

Největší výhrady zazněly stran podřazení ochrany oznamovatelů pod Ministerstvo spravedlnosti coby tzv. vnějšího oznamovacího systému, přičemž zástupci neziskových organizací argumentovali jeho nedostatečnou nezávislostí. Ministerstvo spravedlnosti s takovým názorem nesouhlasí.  To, že v čele ministerstva stojí člen vlády, dle názoru předkladatele neznamená, že ministerstvo v principu nepostupuje odborně či nezávisle. Právě s členem vlády je spojena jasná politická odpovědnost vůči vládě, resp. vůči Poslanecké sněmovně. Existují tedy záruky toho, že agenda bude vykonávána s náležitou péčí, pod hrozbou vyvození politické odpovědnosti tělesem, který má ve státě nejvyšší míru legitimity. Pokud by byla agenda svěřena úřadu, v jehož čele není osoba s politickou odpovědností, může být zjednání nápravy v praxi velice obtížné.

Ministerstvo spravedlnosti pak jako ústřední správní úřad a gestor problematiky boje proti korupci disponuje dostatečnou materiální, technickou i odbornou vybaveností pro výkon dané agendy. Zvolené řešení též umožní efektivní propojení poznatků z aplikace zákona s legislativní činností tak, aby podoba zákona stále odpovídala potřebám praxe. V době potřeby úspor ve veřejných financích se pak nelze přiklonit ani k navrhované variantě vytvoření zcela nového úřadu.

Ministerstvo spravedlnosti na základě požadavku neziskových organizaci nicméně zpracuje podrobnější zhodnocení dopadů a kalkulaci nákladů variant výkonu činností tzv. vnějšího oznamovacího systému Úřadem pro dohled nad hospodařením politických stran a politických hnutí a Kanceláří Veřejného ochránce práv. 

Zástupci resortu spravedlnosti rovněž odmítli mediálně prezentovaný názor některých členů pracovní komise, že navrhovaná právní úprava nesplňuje ani „minimální úroveň transpozice“ Směrnice Evropského parlamentu a Rady (EU) 2019/1937 ze dne 23. října 2019 o ochraně osob, které oznamují porušení práva Unie, do právního řádu České republiky. Vzhledem k tomu že komplexní úprava ochrany whistleblowerů v českém právním řádu neexistuje, přistoupil předkladatel k jejímu rozšíření oproti požadavkům Směrnice tak, aby byli chráněni oznamovatelé oznamující všechna společensky závažná protiprávní jednání související s vykonávaným zaměstnáním nebo jinou obdobnou činností (trestné činy a přestupky). I ostatní parametry návrhů a systému ochrany oznamovatelů pak odpovídají požadavkům Směrnice. Zástupci Ministerstva spravedlnosti proto uvedli, že vyvolávat u veřejnosti dojem toho, že ochrana poskytovaná návrhem zákona o ochraně oznamovatelů a souvisejícího změnového zákona je nedostatečná, je postupem krajně nevhodným, nezodpovědným a předně nereflektujícím skutečnost.

Konečné znění návrhu obou zákonů bude známo až po vypořádání připomínek všech připomínkových míst a promítnutí dohodnutých změn do jejich textu. Oba legislativní návrhy budou v souladu s Plánem legislativních prací vlády na rok 2020 v září předloženy vládě. Účinnosti by pak zákony měly nabýt nejpozději s uplynutím transpoziční lhůty, tedy 17. prosince 2021.