Fyzické osoby, které budou mít daň stanovenu paušální částkou a zároveň výše jejich tržeb bude menší než 250 tis. Kč ročně, budou z evidence tržeb vyňaty. Limit 250 tis. Kč ročních příjmů vychází z přibližného propočtu z průměrné mzdy očištěné o platy manažerů (mediánová mzda). Důvodem tohoto vynětí je skutečnost, že pro tento speciální způsob zdanění není pro Finanční správu znalost přesných příjmů a výdajů podnikatele relevantní. Ministerstvo financí nepředpokládá, že by se toto opatření vztahovalo na subjekty spadající do 1. vlny evidence tržeb, nicméně i tyto budou mít možnost požádat o stanovení paušální daně, a to po účinnosti daňového balíčku (pravděpodobně od 1. dubna 2017).

Ministerstvo financí tímto krokem reaguje na ohlasy ze strany malých podnikatelů, kteří po avizovaném zatraktivnění institutu paušální daně o tento způsob danění projevili zájem. Zatímco dosud tohoto institutu využívalo méně než 40 subjektů, po odstranění legislativních bariér a vytvoření praktického návodu a metodiky, jak si o tuto možnost zažádat, očekáváme mnohonásobně vyšší zájem. „Reagujeme tím také na stále častější ohlasy podnikatelů, pro které je paušální zdanění, byť, jak deklarují -na podstatně vyšší úrovni než jejich současná daňová povinnost -přijatelné a žádoucí řešení. Důvodem je výrazný úbytek administrativy, úspora času, nákladů a v neposlední řadě možnost lepšího plánování finančních toků“, řekl generální ředitel GFŘ Martin Janeček. „Takovéto rozhodnutí daňového subjektu je pro Finanční správu přijatelné a žádoucí řešení a rádi mu vyjdeme vstříc“, dodal Martin Janeček. „Tento institut promítáme do zákona o evidence tržeb v souvislosti s právě finalizovaným daňovým balíčkem pro rok 2017, který jde příští týden do druhého čtení v Poslanecké sněmovně, a který je posledním legislativním nosičem této vlády v oblasti daní“, upřesnila náměstkyně pro daně a cla Alena Schillerová.

Podle pozměňovacího návrhu k zákonu o evidenci tržeb budou přechodných ustanovení moci využít v zásadě všichni, kdo zažádají o § 7a Zákona o dani z příjmu a naplňují daný limit. Do doby vyřízení žádosti budou evidence tržeb zproštěni. Vynětí bude vzhledem k účinnosti daňového balíčku a stanovenému stropu uplatnitelné především pro poplatníky ve 3. a 4. fázi, na které opatření primárně míří, v ojedinělých případech také poplatníky evidující ve 2. fázi. Poplatníci, kterým vznikne povinnost v 1. fázi evidence tržeb, budou muset evidovat minimálně do účinnosti daňového balíčku. Institutu budou moci využít také ti, co své podnikání realizují sezónně.

Doplňuje se též změna § 7a Zákona o dani z příjmu týkající se nově vzniklých podnikatelů, Ti budou mít možnost podat žádost o stanovení daně paušální částkou nejpozději v okamžiku registrace k dani z příjmů - nemusí evidovat do okamžiku, než správce daně rozhodne
- pokud jim daň paušální částkou stanoví, dál neevidují, 
- pokud jim daň paušální částkou nestanoví, začnou po skončení řízení o stanovení daně paušální částkou evidovat.

Pozměňovací návrh obsahuje také návrh na vyloučení plateb prováděných platební kartou prostřednictvím internetu. „Cílem je zjednodušit praxi pro e-shopy, které budou muset evidovat defacto pouze v případě osobního převzetí zboží na pobočce“, uvedl ministr financí Andrej Babiš. Ministerstvo financí k tomuto kroku přistoupilo s dostatečným předstihem před 2. vlnou EET, do které zásilkový prodej spadá, a to především z důvodu, že zajištění evidence všech typů plateb představuje pro řadu poplatníků technický problém odstranitelný jen s vynaložením nepřiměřených nákladů.